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博士生导师随手就甩给我,一篇思路简单粗暴的上海交大21.8分巨噬细胞自噬的SCI文章!他让我模仿这个...

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2025-06-16 20:00

主要观点总结

本文讲述了上海交通大学医学院博士研究生对参与mRNA的3'UTR多聚腺苷酸化位点选择的关键RNA结合蛋白NUDT21的研究。他们探究了NUDT21与炎症激活的关系,发现其在炎症性疾病中表达升高。通过小鼠实验,发现NUDT21骨髓特异性敲除可缓解结肠炎和HLH症状,降低促炎细胞因子IL6和IL1β的表达。机制研究显示,NUDT21可能通过影响自噬相关基因的表达,进而调控NFκB信号通路和炎症反应。文章还讨论了假设迭代、柯霍氏法则和肯定后件逻辑谬误等科研逻辑。

关键观点总结

关键观点1: NUDT21基因的功能和参与机制

博士研究生通过CRISPR筛选出的NUDT21基因,是一种参与mRNA的3'UTR多聚腺苷酸化位点选择的RNA结合蛋白。其表达在炎症性疾病中明显升高。

关键观点2: NUDT21与炎症的关系

研究通过小鼠实验发现,NUDT21骨髓特异性敲除可缓解结肠炎和HLH症状,并降低促炎细胞因子IL6和IL1β的表达。

关键观点3: NUDT21影响炎症的机制

研究发现NUDT21可能通过影响自噬相关基因的表达,进而调控NFκB信号通路和炎症反应。这一过程中涉及到了假设迭代、柯霍氏法则等科研逻辑。

关键观点4: 文章对于科研逻辑的应用

文章讨论了假设迭代、柯霍氏法则和肯定后件逻辑谬误等科研逻辑的应用,并强调了验证过程中的严谨性。


正文

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假设的迭代就是通过已有信息,和实验的结果,对现有的假设进行进一步改进的过程,通过假设的迭代,才能有效推进课题的进展获取更多新的结果,不清楚假设和假设迭代的话,可以去看看《科研的推理和逻辑》和《信号通路是什么鬼?》系列 ),假设NUDT21可能是通过结合并影响自噬相关基因的mRNA,并对其进行3'UTR的选择性多聚腺苷酸化,影响了这些自噬相关基因的表达。而通过验证,他们发现NUDT21的确会导致自噬相关的LC3以及ULK2的3'UTR的变化,缺失NUDT21后这俩个基因的mRNA的3'UTR明显缩短,同时mRNA稳定性也增加了:

由于自噬和NFκB信号通路之间的关联性,他们就假设NUDT21的表达由于减弱了自噬,则能影响NFκB信号通路。通过使用了自噬抑制剂BafA1,对NFκB信号通路中各个蛋白的分析,结果发现自噬被抑制后,会增加IKKα表达( 熟悉NFκB信号通路的话,大家应该知道IKK是IκB的激酶,通过激活IκB的磷酸化,促进其降解。而IκB降解后,p65则解离下来,入核激活了炎症相关因子的转录,不熟悉NFκB信号通路的话,可以去看看《信号通路是什么鬼?》系列好好复习下 )。而这也就是NUDT21通过自噬影响炎症反应的过程:

最后,他们就形成了这样的示意图,NUDT21通过对自噬相关基因mRNA的3'UTR多聚腺苷酸化位点选择,促进了自噬相关基因的3'UTR的选择性多聚腺苷酸化。降低了自噬相关基因的表达,从而抑制了自噬。自噬抑制后,IKKα则无法被降解,从而促进了IκB的磷酸化,促进了p65的入核,激活了NFκB信号通路,促进了炎症反应。而当NUDT21缺失后,自噬相关基因的mRNA稳定性增强,IKKα降解增多,IκB不能被磷酸化降解,导致p65无法入核,NFκB信号通路被阻滞了,导致炎症相关因子表达下降:

这篇文章的思路是比较简单的,甚至有那么点粗暴。如果在验证的过程中通过突变ULK2和LC3的mRNA上NUDT21的结合位点,然后分析是否是通过NUDT21影响了自噬通路,会更严谨一些。你们能明白为什么需要这样做,而不是简单粗暴地使用自噬抑制剂来及进行分析么?( 如果你们清楚“肯定后件”逻辑谬误的话,应该能清楚为什么这样验证才更合理了,不清楚肯定后件逻辑谬误的话,可以去看看《科研的推理和逻辑、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼?》系列 )好了,今天就先策到这里吧,有兴趣的话可以看看原文,祝你们心明眼亮。

本文为夏老师个人观点,仅讨论文章本身,对超出文章以外的内容并不多做评价,如有异意,欢迎在评论区讨论

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