专栏名称: 生信杂谈

生物信息学;生物信息;计算机辅助药物设计;测序分析;Python;R;机器学习;论文写作;网站制作;LOL;dota2。

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#分子模拟#Gromacs 5.1.2做拉伸动力学的几点笔记

生信杂谈 · 公众号 · · 2017-08-19 15:18

正文

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NOTE 1 提示的没有设置特定的 cutoff-scheme 的值， cutoff-scheme gromacs中只有group方案和Verlet方案，group方案较老，可能新的版本已经不存在了，同时速度也较差，具体可以查看。http://www.gromacs.org/Documentation/Cut-off_schemes

nstlist 可以设置超过10，因为在Verlet算法中nstlist不影响精确度

leapfrog does not yet support Nose-Hoover chains, nhchainlength reset to 1 这个问题有人说无关紧要，有人说可以
http://gromacs.org_gmx-users.maillist.sys.kth.narkive.com/cXo18Y84/dr-lemkul-s-umbrella-sampling-tutorial-grompp-note-on-leap-frog-nose-hoover

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