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小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2017-06-08 16:02

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9. Hepatitis B virus X protein (HBx)-related long noncoding RNA (lncRNA) down-regulated expression by HBx (Dreh) inhibits hepatocellular carcinoma metastasis by targeting the intermediate filament protein vimentin. Hepatology. 2013 May ;57(5):1882-92. doi: 10.1002/hep.26195.

10. Long noncoding RNA associated with microvascular invasion in hepatocellular carcinoma promotes angiogenesis and serves as a predictor for hepatocellular carcinoma patients' poor recurrence-free survival after hepatectomy. Hepatology. 2012 Dec ;56(6):2231-41. doi: 10.1002/hep.25895.

11. The histone deacetylase 4/SP1/microrna-200a regulatory network contributes to aberrant histone acetylation in hepatocellular carcinoma. Hepatology. 2011 Dec ;54(6):2025-35. doi: 10.1002/hep.24606.

12. Long noncoding RNA high expression in hepatocellular carcinoma facilitates tumor growth through enhancer of zeste homolog 2 in humans. Hepatology. 2011 Nov ;54(5):1679-89. doi: 10.1002/hep.24563


下面我们就来看文章的内容,文章主要围绕 剪接因子 MBNL3在肝癌中的功能和分子机制 展开,内容可以分为 MBNL3的临床意义、MBNL3的细胞和动物功能以及MBNL3的上下游分子机制三部分。


1. 临床部分

文章关键基因 MBNL3 的mRNA和蛋白在肝癌样本中高表达,并且与分化程度、AFP水平和肿瘤大小相关,KM生存分析显示 MBNL3高表达预示差预后(RFS和OS),且作为独立的预后指标。

在这一部分用到了Oncomine数据库,组织芯片,相关性分析,KM生存分析和Cox回归,还把 MBNL3的mRNA和蛋白区分研究,这一部分内容对应到我们“医学生做基础科研,发表1-3分文章的四个套路 ”的第一个套路——临床样本出发的研究( 优惠来了:“做医学基础科研,发表1-3 分文章的四个套路” 40 节系列课上线啦! ),其中Oncomine等工具也有介绍。


2. 细胞和动物部分

  • 首先是MBNL3的过表达: 选取两株细胞 SMMC-7721和QSG-7701进行 MBNL3的过表达;

  • 然后是 MBNL3的沉默: 用2条shRNA以避免脱靶效应,选取 SMMC-7721, MHCC97H, HCCLM3, HepG2 和Hep3B这5株细胞进行 MBNL3的基因沉默;

  • 表型 检测 :细胞增殖和生长——CCK8, EdU染色和克隆形成,细胞凋亡——TUNEL和凋亡指标。







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