正文
9.
Hepatitis B virus X protein (HBx)-related long noncoding RNA (lncRNA) down-regulated expression by HBx (Dreh) inhibits hepatocellular carcinoma metastasis by targeting the intermediate filament protein vimentin.
Hepatology. 2013 May
;57(5):1882-92. doi: 10.1002/hep.26195.
10.
Long noncoding RNA associated with microvascular invasion in hepatocellular carcinoma promotes angiogenesis and serves as a predictor for hepatocellular carcinoma patients' poor recurrence-free survival after hepatectomy.
Hepatology. 2012 Dec
;56(6):2231-41. doi: 10.1002/hep.25895.
11.
The histone deacetylase 4/SP1/microrna-200a regulatory network contributes to aberrant histone acetylation in hepatocellular carcinoma.
Hepatology. 2011 Dec
;54(6):2025-35. doi: 10.1002/hep.24606.
12.
Long noncoding RNA high expression in hepatocellular carcinoma facilitates tumor growth through enhancer of zeste homolog 2 in humans.
Hepatology. 2011 Nov
;54(5):1679-89. doi: 10.1002/hep.24563
下面我们就来看文章的内容,文章主要围绕
剪接因子
MBNL3在肝癌中的功能和分子机制
展开,内容可以分为
MBNL3的临床意义、MBNL3的细胞和动物功能以及MBNL3的上下游分子机制三部分。
1. 临床部分
文章关键基因
MBNL3
的mRNA和蛋白在肝癌样本中高表达,并且与分化程度、AFP水平和肿瘤大小相关,KM生存分析显示
MBNL3高表达预示差预后(RFS和OS),且作为独立的预后指标。
在这一部分用到了Oncomine数据库,组织芯片,相关性分析,KM生存分析和Cox回归,还把
MBNL3的mRNA和蛋白区分研究,这一部分内容对应到我们“医学生做基础科研,发表1-3分文章的四个套路
”的第一个套路——临床样本出发的研究(
优惠来了:“做医学基础科研,发表1-3 分文章的四个套路” 40 节系列课上线啦!
),其中Oncomine等工具也有介绍。
2. 细胞和动物部分
-
首先是MBNL3的过表达:
选取两株细胞
SMMC-7721和QSG-7701进行
MBNL3的过表达;
-
然后是
MBNL3的沉默:
用2条shRNA以避免脱靶效应,选取
SMMC-7721,
MHCC97H, HCCLM3, HepG2 和Hep3B这5株细胞进行
MBNL3的基因沉默;
-
表型
的
检测
:细胞增殖和生长——CCK8,
EdU染色和克隆形成,细胞凋亡——TUNEL和凋亡指标。