测序数据可视化 (一)

测序reads比对回基因组后，可以通过多种方式查看比对结果。直接查看 bam 文件可查看测序序列比对的信息和测序序列的碱基突变信息，在检查比对结果或分析全基因组或外显子组测序时会有帮助。但 BAM 文件比较大，在ChIP-seq类和RNA-seq类的测序结果可视化中，通常使用基因组区域的覆盖度文件进行可视化展示，比如IGV的 tdf 文件和所有浏览器都支持的 bigWig 文件。

本文简述了4种本地和在线的基因组浏览器的使用方法以供学习交流。

samtools tview 是在服务器查看比对结果的最简单方式，不需要下载数据，即可以直接查看。

在打开界面后，输入 g ，在弹出的搜索框中输入位置，就可以跳到对应的基因组区域。输入 . 可切换展示测序碱基信息。还可以使用 m, n, b, c,z 调节碱基的颜色显示。