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小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2017-07-28 21:35

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1、表达量差异够显著;2、有潜在的生物学意义 (与肝纤维化相关的mRNA做共表达分析初步验证它们之间的表达相关性)。

到这里我们应该已经有两部分实验结果了:

1)动物模型成功构建的结果 (组织形态学和生化指标共同确定模型构建成功);

2)lncRNA的测序(或生信分析)的结果 (热图表示差异基因以及后续的PCR验证)。

上面的结果表明这10个lncRNA在肝纤维化的过程中都挺“ 特殊 ”的,究竟该翻哪个的牌子,本宫很是纠结。于是本宫在多个组织的纤维化和非纤维化的样本中分别检测上述lncRNA的表达量,结果发现lncRNA-LFAR1在 肝纤维化中具有非常显著的组织特异性 表达量高且差异显著 。所以最后,我们翻了lncRNA-LFAR1的牌子。

lncRNA-LFAR1在不同组织中的表达量

有关表达量变化的研究似乎结束了,但是看了一下文献中所描述的肝纤维化的发展过程,似乎哪里不对。

文献中说肝纤维化是由肝细胞(HC)损伤和肝星形细胞的激活(HSC)共同作用的结果,这两个细胞在肝纤维化的过程中似乎处于此消彼长的状态,而我们做的测序是组织样本的测序,并非单细胞测序,样本中各种细胞类型都有,所以说 同样的分子在不同类型的细胞中的作用机制很有可能是不同的

lncRNA-LFAR1在不同细胞中的表达量

此外,动物建模的过程是一个比较漫长的过程,基因的表达可能会随时间变化,lncRNA-LFAR1在这一过程中是如何变化的,也是需要我们研究的。

α-SMA and lnc-LFAR1在HSC中不同时间的表达量

要研究lncRNA-LFAR1影响了什么,我们可以设计敲减和过表达实验,以及挽救实验,结合测序进行下游信号通路的检测。不做测序的话可以直接通过文献搜索,瞄准疾病直接相关的下游通路进行检测。 结合测序的我们叫有的放矢,不做测序的我们叫盲狙 。我们通过生物信息学分析结合后续实验验证(PCR、WB)发现lncRNA-LFAR1影响了下游一大票与肝纤维化相关的基因以及激活Notch信号通路。







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