SMINA教程以CDPK1为例

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awk主要是进行了前后的颠倒，并且在标题后增加active标签，sed主要是将Cl进行替换，替换成空，中间用管道链接，输出到smi文件格式。

(d)将每个靶点的内容合并为单个文件

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cat aid*.smi > activaes.msi

T.gondii 和 C.pavum 分别包含156个和89个活性化合物。你可以在这里下载合并好的文件。

1.2.2 创建诱饵数据集

该在线网站说只需要10min，实际上需要1-2天左右时间
由于这些靶点的无活性配体数量较少，我们使用诱饵数据库Database of Useful Decoys：Enhanced（DUDE）方法来从ZINC数据库中进行采样。这些诱饵被选择的方法为化学性质不相同（即和有活性的配体相比较不相似，认为是不结合的）。但分子质量，logP，旋转键和氢键受体供体这些简单的分子参数是相同的。

(a)使用DUDE网站创建诱饵数据集,将会生成dude-decoys.tar.gz文件，里面包含50个参数匹配的诱饵。

(b)将诱饵结合进入单个文件

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cat decoys/* | grep -v ligand > decoys.msi

点此下载decoys文件，( T.gondii 诱饵和活性化合物。 C.pavum 诱饵和活性化合物)。

1.2.3 生成三维结构

我们将使用开源软件RDKit利用2D SMILES生成3D构像

(a)将RDKit写入你的PYTHONPATH，并且执行rdconf.py脚本

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wget http://bits.csb.pitt.edu/tdtCDPK1/rdconf.py
chmod + x rdconf.py

(b)每个active/decoy生成单一构像

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rdconf.py --maxconfs 1 decoys.smi decoys.sdf
rdconf.py --maxconfs 1 actives.smi actives.sdf

(c)将文件合并

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cat actives.sdf decoys.sdf > combined.sdf

由于有两个文件，我们将 T.gondii 和 C.pavum 分别命令为gondii.sdf和parvum.sdf

1.3 对接

我们使用SMINA通过对接化合物进入受体结构进行虚拟筛选,采用AutoDock Vina得分功能。由于我们对一个固定的受体对接，所以我们选择一个好的受体结构是非常重要的。我们将会使用CDPK1的测试集来模拟评价我们的对接工具和选择受体结构。

1.鉴定PDB中所有 C.parvum 和 T.gondii 文件，搜索’calcium-dependent protein kinase 1’,并且选择恰当的生物（organism.）

C. parvum : 2QG5 2WEI 3DFA 3F3Z 3HKO 3IGO 3L19 3LIJ 3MWU 3NCG

T. gondii : 3I79 3I7B 3I7C 3KU2 3N51 3NYV 3SX9 3SXF 3T3U 3T3V 3UPX 3UPZ 3V51 3V5P 3V5T 4M84

由于教程较老，故和自己搜索有差异

2.下载这些pdb文件,你可以用如下的简单方法，或者直接下载我下载好的。

将以下代码保存为脚本，例如 down.sh

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#!/bin/bash  
str="2QG5 2WEI 3DFA 3F3Z 3HKO 3IGO 3L19 3LIJ 3MWU 3NCG"  
arr=(${str// / })
for i in ${arr[@]}  
do  
wget https://files.rcsb.org/download/$i.pdb
done

执行如下命令:

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chmod +x down.sh
./down.sh

3.比对和提取结构。在pymol中打开靶标pdb文件。比对他们。除去水和原子。提取每个配体到自己的对象。

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#pymol中执行
from glob import glob
for fil in glob("*.pdb"): cmd.load(fil)
alignto
remove solvent
remove metal
remove GOL
#选择配体BK1周围5埃外的小分子，并且删除，因为并未在结合位点内，不是配体
select unligand,byres resname BK1 gap 5 and hetatm
remove unligand
#选择配体
select ligand,hetatm
extract parvum,ligand
#保存配体
save parvumlig.pdb,parvum
remove ligand

4.保存受体和配体文件，注意的是 3LI9 没有酶结构域， 3DFA 和 2QG5 为未结合态结构，综合考虑我们将其删除。

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remove 3LI9 and 3DFA and 2QG5

保存(注意一下需要保存为python文件后 run 进行操作)

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