Gromacs教程2-水中的单个甲烷

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环境变量更改为：

$ export GMXLIB = $ HOME/GMXLIB

将上述内容添加到 . bash_profile 中以使其成为永久性的,然后进行执行：

$ cd $ GMXLIB

您现在处于刚刚拷贝的副本中，所有模拟将使用该目录而不是GROMACS默认目录中提供的目录。

现在进入 oplsaa . ff 并打开 aminoacids . rtp 。您会注意到文件中已有多个残基。我们将为我们的甲烷添加一个名为 methane . rtp 的新文件，其中包含我们称之为CH4的残基。关闭 aminoacids . rtp 。我们需要告诉 gmx pdb2gmx 我们的残差文件中原子的原子和键。我们也可以告诉它角度，但是我们会将它们排除在外，因为 gmx pdb2gmx 会为我们解决这个问题。现在需要在 oplsaa . ff 目录中创建以下内容并另存为 methane . rtp ：

[ bondedtypes ]
; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
  1      1       3          1         1             3      1    0
; Methane
[ CH4 ]
 [ atoms ]
   C      opls_138    -0.240     1
   H1     opls_140     0.060     1
   H2     opls_140     0.060     1
   H3     opls_140     0.060     1
   H4     opls_140     0.060     1
 [ bonds ]
   C      H1
   C      H2
   C      H3
   C      H4

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