2025 ESCMID前沿进展速递 | 多组学技术大放异彩！微生物组分析解锁肿瘤、生殖遗传及感染性疾...

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功能代谢组学结果显示 CRC 患者中长链脂肪酸合成通路也出现了异常激活，其中癸酸、棕榈酸等代谢物水平与牙周梭杆菌丰度呈显著正相关。同时， 单细胞转录组测序发现 CRC 肿瘤组织中 性粒细胞趋化因子 CXCL8 呈现高表达，以此驱动中性粒细胞相关免疫通路的激活。体外实验及动物实验结果也表明，牙周梭杆菌产生的癸酸可促进中性粒细胞迁移，并上调白细胞迁移及促癌相关基因的表达，其通过调控中性粒细胞浸润促进肠道肿瘤的形成。首次揭示牙周梭杆菌通过合成癸酸驱动中性粒细胞趋化、重塑肿瘤微环境，进而促进结直肠癌发生的新机制。因此，该研究深化了对 CRC 发病机制的认识，也为利用多组学整合分析来解析复杂疾病提供了范例。

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细菌及宿主 RNA-seq 助力 hv-CRKP 毒性的机制研究

高毒力碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（ hv-CRKP ）是医疗相关感染的新威胁，不过，对于其携带的新型质粒“ pvirhs1 ”的致病机制尚不明确。 复旦大学华山医院 的研究团队 采用 细菌 RN A-seq 及小鼠肺 RNA-seq ，深入探究了 pvirhs1 质粒在 hv-CRKP 致病性中的作用。

体外实验结果显示， pvirhs1 组与肺上皮类器官共培养时，出现了更强的细胞损伤能力；小鼠感染实验中， pvirhs1 组小鼠体重下降更显著，肺组织也表现出更广泛的出血、炎症浸润和结构破坏。此外， 宿主 RNA -seq 分析 显示， pvirhs1 感染组小鼠肺组织中， IL-2 、 IL-4 、 IL-8 等促炎细胞因子水平显著升高 ；细菌 RNA -seq 分析 显示 铁离子稳态、鞭毛组装及脂多糖生物合成通路显著激活，且其鞭毛长度更长、复杂性更高、黏附能力更强。因此，该研究表明，携带 pvirhs1 质粒的 hv-CRKP 通过增强鞭毛和脂多糖合成，强化细菌对宿主细胞的黏附与侵袭能力，同时诱导宿主的过度炎症反应，进而导致更严重的肺部感染。这也提示，临床上需要重视对该质粒的早期检测，以实现感染的精准干预和治疗，降低重症风险。

The RNA-seq and cytokine responses in different groups.

The bacteria RNA-seq in groups and pilus in the hypervirulent strain

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GWAS 分析提示 ABCG1 基因变异与蜱传脑炎易感性相关

蜱传脑炎（ TBE ）是由蜱传脑炎病毒（ TBEV ）引起的中枢神经系统感染性疾病，临床表现为脑膜炎、脑炎、脊髓炎等。截至目前，宿主的遗传因素在 TBE 易感性及发病机制中的作用尚不明确。

格拉茨医科大学 的研究团队对 1600 例 TBE 病例和 9699 例对照进行 全基因组关联研究（ GWAS） ，并结合体外功能实验，探索了与 TBE 易感性相关的关键遗传因素。他们在 21 号染色体的 ABCG1 基因内发现两个独立的内含子变异（ rs35873421 和 rs3787986 ），两者与 TBE 易感性呈显著关联，这两个变异还可以影响 ABCG1 在外周血中的基因表达。体外实验结果也显示，抑制 ABCG1 功能或沉默 ABCG1 的表达，可显著减少 TBE 病毒在神经元细胞和巨噬细胞中的复制，表明 ABCG1 对病毒复制具有促进作用。因此，该研究为理解宿主遗传因素对 TBE 的影响奠定了基础，有望为 TBE 的精准防治策略开发提供新的思路。

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孕期抗生素暴露显著影响阴道耐药基因谱及宫内感染治疗风险

宫内感染是导致孕产妇和新生儿发病及死亡的重要原因，而抗生素耐药性的加剧使相关治疗面临更加严峻的挑战。不过，怀孕期间阴道菌群中抗生素耐药基因（ ARGs ）及其受抗生素暴露的影响尚不清楚。

法国鲁昂大学医学院附属医院 的研究团队通过对

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