新型NGS方法精准检测肺癌原发MET扩增：预后分层与治疗新启示

肿瘤资讯 · 公众号 · 医学 · 2025-05-20 20:00

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图1. MET检测与样本分层的计算机模拟分析。(A) 拷贝数比（CNR）阈值与污染参数值不同组合的F分数热图。黑色方块表示最高F分数（F-score=0.989）。(B) 观察到的CNR与理论CNR的比较及后续分层。

使用这些优化参数，研究者评估了基于NGS的MET扩增检测方法对样本进行准确分层的能力。研究者进行了额外的7000次模拟，将合成数据集中MET扩增子的读取次数按2到5倍递增，随后使用ifCNV计算每个模拟的对应CNR。有趣的是，皮尔逊相关分析显示预期比率与观察比率之间存在强相关性（超过0.99）（图1B）。此外，尽管观察到的CNR略有低估，但将样本分层为低、中、高扩增组的准确性达到100%（图1B）。

2、优化的MET扩增检测参数的体内验证

基于上述参数，研究者接下来在72例肿瘤细胞比例≥20%的NSCLC样本验证集上评估了基于NGS的MET扩增检测和分层方法（图1B）。研究者使用IHC、ddPCR和NGS评估MET扩增状态，并将结果与当前金标准方法FISH进行比较。IHC表现出完美的敏感性（Se=1.00），但特异性（Sp=0.19）较低，显示出大量假阳性（FP）。另一方面，ddPCR分析的敏感性为0.83，特异性为0.77。与FISH结果相比，基于NGS的MET扩增检测方法的敏感性为0.91，特异性为0.98，仅出现1例假阳性和2例假阴性（表1）。