R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）

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p <- ggplot(data_m, aes(x=variable, y=value),color=variable) +
geom_boxplot() +
theme(axis.text.x=element_text(angle= 50 ,hjust= 0.5 , vjust= 0.5 )) +
theme(legend.position= "none" )
p
# 图会存储在当前目录的Rplots.pdf文件中，如果用Rstudio，可以不运行dev.off()
dev.off()

箱线图出来了，看上去还可以，再加点色彩。

# variable和value为矩阵melt后的两列的名字，内部变量, variable代表了点线的属性，value代表对应的值。
p <- ggplot(data_m, aes(x=variable, y=value),color=variable) + 
geom_boxplot(aes(fill=factor(variable))) + 
theme(axis.text.x=element_text(angle=50,hjust=0.5, vjust=0.5)) +
theme(legend.position="none")
p
# 图会存储在当前目录的Rplots.pdf文件中，如果用Rstudio，可以不运行dev.off()
dev.off()

再看看Violin plot

# variable和value为矩阵melt后的两列的名字，内部变量, variable代表了点线的属性，value代表对应的值。
p <- ggplot(data_m, aes(x=variable, y=value),color=variable) + 
geom_violin(aes(fill=factor(variable))) + 
theme(axis.text.x=element_text(angle=50,hjust=0.5, vjust=0.5)) +
theme(legend.position="none")
p
# 图会存储在当前目录的Rplots.pdf文件中，如果用Rstudio，可以不运行dev.off()
dev.off()

还有Jitter plot (这里使用的是ggbeeswarm包)

library(ggbeeswarm)
# 为了更好的效果，只保留其中一个样品的数据
# grepl类似于Linux的grep命令，获取特定模式的字符串

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