正文
MSK-IMPACT基于二代测序技术,它并不是对肿瘤的全基因组或蛋白编码基因进行测序,而是以过去的癌症研究为基础,确定了341个重要的“癌基因”。研究人员对患者这些基因上所有的重要区域都进行了测序,可以检测到基因上所有蛋白编码区突变、拷贝数变化(CNAs)、启动子突变和基因组重排。MSK的病理学系主任David S. Klimstra博士认为,这使得研究人员能够更全面的了解患者的“遗传变异”情况[5]。
David S. Klimstra博士
首先,研究人员比较了MSK-IMPACT与全外显子组测序(WES)的差别,通过对样本的检测,他们发现
至少有9%的癌症相关突变是WES没有检测到的
。而且,MSK-IMPACT能够检测到的一些很重要的,基因组重排导致的“融合基因”,WES也是检测不到的。研究人员在1597名患者(15%)中都检测到了融合基因,其中最常见的分别是
TMPRSS2-ERG
、
EGFRvIII
、
EML4-ALK
和
EWSR1-FLI1
。
而后,
研究人员将MSK-IMPACT的测序结果与癌症体细胞突变目录(Catalog of Somatic Mutations in Cancer,COSMIC)数据库做了对比,发现有69%的体细胞突变数据库中都没有收录!
没有与之相匹配的正常样本测序结果的对比,这些突变是很难和一些罕见的遗传变异区分开的。
根据研究人员的介绍,传统的临床试验招募患者通常是以癌症类型为标准,但基于MSK-IMPACT检测,他们可以进行新型临床研究,以基因的突变为标准,具有相同突变的患者,尽管可能癌症类型不同,但是可以使用同一种靶向药物。比如前列腺癌、肾嫌色细胞癌、胶质母细胞瘤和胃癌中都有编码区基因
TP53
的突变。
从检测到出具报告的流程示意图
TP53
基因是这次研究中发现的最常见的一个突变基因,41%的患者都有携带,尤其是高级别浆液性卵巢癌(98%),食管腺癌(89%)和小细胞肺癌(85%)患者。其次是
KRAS
基因,携带者占所有患者的15%,有90%的胰腺癌患者和44%的结肠癌患者都携带它的突变。