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的确，他从小就很有主见，要走自己的路。父亲给他取名嘉官，号方仲，但是他自己从来不用“嘉官”，只以“方仲”行世，以至于几乎没有人知道本来“嘉官”才是他的“正名”。面对家庭只读四书五经和古文、不许进洋学堂的陋规，他和弟弟嘉彬向祖父和父母表示坚决要回北京读新式学堂。好在几经恳求抗争，终获批准。
1922年初夏，梁方仲就这样回到北京，先读汇文小学三年级，来年春假后跳级考入英国人办的萃文中学，暑假以后转读美国人办的崇实中学。1925年“五卅”运动爆发，为抗议美国人校长干涉学生反帝活动甚至动手打学生，他愤而退学转读天津南开中学。1926年，他以高中一年级的学历，考入清华大学。就这样，在短短四年之内，他在北京天津完成了小学中学阶段的新式教育。
二十世纪三十年代梁方仲与其家庭成员合影
考清华他报读的是农学系。不料一年以后因学生人数不足农学系遭裁撤，于是他转读西洋文学系，第三年又改读经济学系。虽几经转读，他依然在四年内本科顺利毕业。其时正值清华大学撤销仅修中国学术文化的“国学研究院”，开办现代意义的大学研究（生）院，梁方仲得老师哈佛博士陈岱孙教授和耶鲁博士陈锦涛教授的鼓励，成为清华大学研究院第一届的研究生。在研究院，他主修财政学，选定明代田赋史作为毕业论文主题。
清华研究院毕业以后，梁方仲得先期到所的清华同窗汤象龙的帮助，选择去了社会公益型的科研机构北平社会调查所，该所不久即并入中央研究院社会科学研究所，所长为陶孟和。至抗日战争爆发的三年半时间里，梁方仲完成了以《一条鞭法》为代表的一系列在国内外很有影响的著述，并且与吴晗、汤象龙发起成立了“史学研究会”，罗尔纲、夏鼐等均参与其中，“站在友谊的立场交换各人的研究心得”。罗尔纲曾经回忆道：“在大学里除了同学外，差不多可以说没有朋友。自从入史学研究会，遇到了这几位富于热情，有学养，讲友谊的朋友，我才懂得切磋鼓励的乐趣……”
1934年，梁方仲(左二)与谷霁光（左三）、罗尔纲（左四）、汤象龙（右一）、吴晗（右三）等在北京成立史学研究会。
1937年初夏，梁方仲按计划赴日本交流考察，其时，他的《一条鞭法》已经被翻译为日文在日本出版，其他一些著述也被日本学者引用。这次访问开展得很好，收获很大，未料“七七卢沟桥事变”爆发，他毅然决定中止访问，与早已在东京帝国大学读研的弟弟嘉彬和在东京政法大学留学的未婚妻陈瑛材一起，上船回国。梁方仲陈瑛材9月在广州成亲以后，就到长沙向迁湘的社会科学研究所报到，研究所后来又迁桂林，最后落脚昆明。
昆明时期，是梁方仲相当高产的一个时期，特别是1939年7月至1940年4月差不多九个月时间里，他离开昆明，单身奔走四川、陕西、甘肃、内蒙古，进行农村土地经济调查，并且在延安逗留近两个月，会见了不少共产党和国民党的政要和各方面知名人士。调查回来，所长陶孟和组织学界朋友和他座谈，与会者包括张奚若、金岳霖、梁思成、陈岱孙、伍启元、周炳琳、陈振汉、丁佶、谷春帆等人。
1940年底，同济大学和中央研究院中央博物馆、历史语言研究所和社会科学研究所等重量级学术机构，先后迁移到四川省南溪县的李庄，直至抗战胜利才陆续回迁离开。这是这些学术机构在八年抗战时期的黄金时段，从而小小李庄，也被称为战时后方四大文化中心之一，其他三个则是陪都重庆、四川省省会成都和云南省省会昆明，都比小小李庄大得太多。居留李庄的差不多四年时间，也是梁方仲先生生活比较安定、研究突飞猛进的四年，这期间完成的诸多论著，有些被美国太平洋学会组织翻译成英文，在哈佛大学发行。
1943年，梁方仲获得美国哈佛燕京学社的奖学金。同时获奖的一共十人，包括陈寅恪、汤用彤、闻一多、邵循正、陈梦家等，都是我国人文学科和社会科学方面成就不凡的学者。这笔奖学金的使用，不附带任何条件。
1944年，中央研究院派遣社会科学所梁方仲和历史语言所丁声树、全汉昇去美国考察研究。当时国民政府规定，所有出国人员都必须到中央训练团受训，进团的第一天首先要在专人指导下填写履历表。其中“已入党（指国民党）否”栏，如果未入，即被要求填上“申请入党”字样。在所有受训的学员中，只有包括他们三位在内的五位学员，坚持空白不填。后来，中央研究院总办事处遵照院总干事叶企孙的指示，出面解释他们三人都是只做学问的“书呆子”，从来无意党派和政治，再搬出美方已经发出邀请等理由，并且向多个部门疏通，这样拖了好几个月，他们才艰难得到护照。
1944年秋，梁方仲赴美，他先到加州，遍访斯坦福大学、加州大学伯克利分校、加州理工大学、加州大学洛杉矶分校等著名学府和其他研究机构，还到博物馆、图书馆以及工厂农场搜集资料，然后到东部新英格兰地区，受聘于哈佛大学经济学系，任研究员两年。其间，他还抽空访问位于纽约市的哥伦比亚大学、位于新泽西州的普林斯顿大学、位于康涅狄格州纽黑文的耶鲁大学、位于芝加哥的芝加哥大学，以及位于首都华盛顿的国会图书馆。由于此前梁方仲的发表记录已经很好，一位后来大名鼎鼎的美国学者也曾经表示要到我国来在中央研究院跟他做研究。
1946年9月至1947年5月，梁方仲离美赴英访问伦敦政治经济学院和其他学术机构。其间在1946年11-12月，还应招到巴黎担负参加联合国科教文组织成立大会中国代表团的技术助理工作。赴英访问归来以后，梁方仲一度代理社会研究所所务，协助病中的陶孟和所长争取到哈佛大学博士陈振汉和张培刚兼任社会研究所研究员。1948年初，中央研究院已经开始筹划撤离大陆，在随后一年多时间里面，搬迁和反搬迁的较量相当激烈。因为社会研究所所长陶孟和的反迁台态度坚决，中央研究院代理院长朱家骅曾经提请梁方仲先把社会研究所迁到西南，梁以尊重自己的老师和上司为由，表示还是留在南京为宜。
