正文
天主教在传入日本之后，受到了饱受战乱之苦的下层民众和一些大名的欢迎。日本佛教在战国时代过于介入政治，已经名声狼藉。天主教宣扬在上帝面前人人平等、人死后要接受审判的教义，以及创设医院等福音事功让它在民众中有很强的吸引力。战国后期实力最强的大名织田信长长期和一向宗、石山本愿寺等佛门反对势力较量，他也希望能通过天主教的传播来分化、抑制佛教势力的蔓延。甚至，他在与荒木村重与石山本愿寺的联军作战中，派出传教士奥尔甘迪诺游说荒木村重手下的切支丹城主高山右近，威胁他若不开城便将传教士钉死在十字架上。高山右近在无奈之下只好归顺了织田信长。
高山右近像
开展贸易、获取武器和争取教徒
（大名）
支持，这是日本大名支持天主教的三大原因。在这些掌权者的庇护下，天主教在日本迅速发展起来。
不过在顺利中已经埋下了悲剧的种子。天主教在日本的传播太过于依靠当权者的支持，日本是一个神道教的国家一旦封建统治者不再需要，或是找到更好的替代品的时候，天主教这种外来的宗教就很快遭到灭顶之灾。
在织田信长死后，丰臣秀吉掌握了实权，日本进入桃山时代。1587年丰臣秀吉平定了九州，逐渐接近全国统一，佛教僧团也承认了他的权威。这时，以长崎为据点的天主教势力就成了丰臣秀吉不可忽视的政治势力。他对切支丹大名的代表人物高山右近说：“切支丹在具有身份的士兵和诸侯之间广泛传教，这不是我乐于见到的。为什么在切支丹之间有超过兄弟感情的强大的团结？这必定会对安定的天下带来灾难。”当时，在丰臣秀吉手下已经有高山右近、黑田官兵卫、小西行长、宇喜多秀家、蒲生氏乡等手握兵权、能征善战的切支丹大名，这些大名团结在十字架下，对以传统血缘为纽带的日本封建秩序造成了非常大的隐患。
令丰臣秀吉更为不安的是，高山右近因不肯放弃天主教而被夺取兵权，却没有因此感到悲伤和痛苦，反而认为经受苦难可以验证自己的信仰。这种不图功利、一味牺牲的精神非常可怕，不仅意味着丰臣秀吉已经无法用世俗的利益去收买切支丹大名的效忠，一旦远在欧洲的教宗让这些切支丹大名联合起来反对他，这些人想必会非常热切地响应吧。
于是，在处分了高山右近的1582年，丰臣秀吉迅速宣布了《伴天连追放令》。伴天连
（padre）
是葡萄牙语神父、祭司的意思，丰臣秀吉宣布将在20日内将所有传教士全部驱逐出日本，同时没收大阪、堺、京都等地的教堂，摘除船只和教堂上的十字旗，取下信徒脖子上的十字架，后因神父范礼安的游说才缓和下来，留下130名传教士在九州地区潜伏布教。
《伴天连追放令》
1598年，丰臣秀吉在进攻朝鲜失败后郁郁而终，接下来统治日本的是德川家康的幕府。鉴于与葡萄牙商人的丰厚贸易利润，德川家康缓和了对天主教徒的镇压，于是天主教实力扩大，到1613年的时候全国教徒总数达到近40万
（一说200万）
，教堂200多所，长崎甚至取代了澳门和马尼拉，成为“远东的罗马”。
好时无多。1609年，荷兰人来到日本贸易。荷兰是新教国家，在贸易的时候并不附带着传教。于是，德川幕府找到了替代天主教的好搭档。同一时期，日本发生了切支丹武士冈本大八和大名有马晴信的渎职事件。幕府以此为机，在1614年宣布全国禁教，驱逐传教士，关闭教堂。家康死后，继任者采取了更加严厉的措施。据统计，从1614年到1635年，惨遭杀害的天主教徒达28万人之多。
封建压迫和禁教激起九州地区教徒的反抗，在日本天主教避难地岛原半岛发生了起义。这一事件越发印证了幕府统治者对于天主教的预判，在扑灭起义之后更加残酷地迫害天主教徒，基本禁绝了基督教在日本的传播。
日本九州地区是战国后期至德川幕府时期天主教徒的据点
在电影中，圣巴斯蒂安看着被搜捕到了天主教村民被官员绑在海水里几天几夜，任凭海浪拍击着单薄的躯体，最终体力耗尽而亡。教徒在临终之前唱着圣歌，到了夜晚，士兵们把教徒的尸体抬上岸，放在堆好的木材上火化，那一幕分明是对中世纪宗教绘画中殉道者被抬下十字架的模仿，而巨浪则象征着世俗政权对宗教信仰的残酷碾压。剥离掉主观情绪去看这一片段，我们能不能这么认为：世俗政权的禁教，是它顺应形势最自然的选择；而教徒则用殉难得到了心灵的满足。谁也没有战胜对方，各自坚守着立场，仅此而已。
