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目前，我国医疗器械行业主要面临四方面问题，一是我国医疗器械生产企业平均规模偏小。根据抽样调查，2016年全国医疗器械生产企业平均主营业务收入仅3230万元。而2016年，全球最大医疗器械生产企业美敦力公司全球销售额已经达到288亿美元。与之相比，我国已公布的最大上市公司新华医疗2016年医疗器械销售额仅83.64亿人民币。此外，迈瑞虽未公布2016年主营收入，但据调查也未过百亿。
二是国产高端医疗器械总体质量与发达国家同类产品相比还有较大的差距。一次由医院影像学和设备科专家、相关企业内的研发专家和高校内的研发专家参加的评估活动结果显示，从稳定性、耐用性和使用操作方便性方面来看，我国高端医疗器械总体质量与国外同类产品相比还有大约十年差距。
三是我国常用医疗器械产品同质化严重。例如，我国仅生产输液器和注射器的企业就达200多家。不同企业之间的产品在设计上、结构上、质量上和性能上没有明显差别。由此导致市场竞争主要依靠价格战实现，产品利润极薄。
四是我国医疗器械研发投入比例低，原始创新能力弱。据中国医疗器械行业协会调查研究，我国医疗器械生产企业研发投入平均只占销售额的2%—3%。例如，2016年我国主营收入前20名的上市医疗器械企业研发投入占营业收入的比例只有4.51%。与之相比，发达国家跨国医疗器械生产企业的研发投入占比可达营业收入的8%—13%。
对于我国医疗器械行业发展所面临的问题，王宝亭表示，希望医疗器械产业在发展的过程中多多注意当前存在的问题，这对于行业健康发展非常重要。
