Linux学习 - 命令运行监测和软件安装

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系统包管理器安装

软件安装最方便的、一般也不容易出问题的是利用系统自带的包管理工具，可以解决大部分的依赖问题。

# centos
# 如果长时间没更新，先运行下update
yum update
# 如果不知道软件具体名字，可以先用一个关键字search一下, 选择正式的名字
# 需要注意的是一般的服务器都是64 bit，需要选x86_64版本
yum search soft_name or soft_description
yum search soft_official_name

但也有一些不足，主要3点：

1. 需要根用户的权限。

2. 如果系统版本老，安装的软件版本也会比较老。使用新版本有时又会发生冲突。

3. 生物信息学中不少软件不在系统的安装源里面。

解决这些问题，就需要自己去软件官网查找最新的分发包，又有两种可能，一种是分发包直接就是编译好的软件，下载下来设置下可执行属性并放入 环境变量 就可以运行了，如 blast 或 bowtie 这样的工具。

另一种则是需要从源码编译安装，下面主要讲解下这个。

源码编译安装

源码编译经典的三部曲 configure , make , make install 。如果不出问题，一步步执行下来就安装好了。但出了问题，就不是比较容易解决的。如果知道这背后的机制，对解决问题会有很大帮助的。

• configure 是检查系统的库文件、类文件、依赖软件是否存在以及它们的版本是否满足需求，并根据实际检测结果生成Makefile的工具。一般是一堆bash命令的组合。通常也需要在这一步配置一些参数。最常用的就是指定软件的安装目录 --prefix=/home/ct/soft/specific_name 。

• make 则是具体的编译过程。编译的语句都写在了 Makefile 中。 make 默认编译Makefile中出现的第一个 target ，也可以指定 target 编译，并根据Makefile的设置方式依次编译所有依赖的东西。

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