正文
显然，最重要的研究内容理所应当的占据正文的核心部分。而为了避免文章内容主次不清，作者可将一些额外数据放置在补充材料中。
大多数时候，论文之所以被拒，其“阵亡”原因主要在于文章的讨论部分非常薄弱，而这多是因为作者在撰写论文时对现有的发表文献并不是非常清楚。而作者在撰写论文时，也应该将其研究结果放在整个研究大环境中来进行讨论，以证明自己研究所得的这些结果确实具有重要意义或原创性。
科学推测和循证结论之间存在一条狭窄的界线。作者可在讨论中进行推测，但不宜太多。当所有讨论均是推测时，显然这种情况并不好，因为它并不是根植于作者的实验操作。在文章的结论部分，有关你在未来将进行的研究以及其他需要探索的研究内容最好用一两句话进行概括。
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创建一个逻辑框架
——霍华德休斯医学研究所科学顾问Brett Mensh
论文的逻辑框架是至关重要的。如果文章缺乏正确的逻辑结构，那么刊登于期刊杂志也只是一件遥遥无期的事情。
我认为一篇论文应该只有一个核心概念，而文章的上下文内容均应该对此进行详细的阐述及服务。论文中的每一段落的首句应概括出段落的核心内容，正文应在诠释研究内容时提出新观点，而最后一句则需要对段落提供一个结论。就整篇论文而言，前言（Introduction）可确定研究背景，结果（Results）解释科研内容，讨论（Discussion）总结科研结论以及研究的重要性。
通常论文的标题就已经涵盖了论文关键内容，那么围绕此核心，文章的所有内容都应在逻辑结构上对此进行充分论证。为了引导读者理解你所开展的研究进行到何种程度，作者也需要对文章中科学假说也进行相应的解释。
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