填补空白！四川大学华西医院郭安源/袁勇团队全方位构建T细胞研究利器，助力免疫组学新进展

测序中国 · 公众号 · · 2025-03-25 12:39

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首先，研究团队收集并整合了来自 35 种疾病状态和 16 种组织的约 134 万个 T 细胞数据，结合已发表文献中的 T 细胞亚型和状态标记基因，对 T 细胞进行了系统地分层注释。最终 构建了包含 5 个 T 细胞大类、 68 种 T 细胞亚型和状态的目前最为全面的人类 T 细胞参考谱（图 1 ）。

图 1. T 细胞亚型和状态参考谱的构建流程

基于 T 细胞亚型和状态的标准化参考谱，研究团队使用了分层模型和标记基因矫正的方法开发了 T 细胞自动注释工具 STCAT （ Single T Cell Annotation Tool ） （图 2 ）。 STCAT 可以从包含 T 细胞的 scRNA-seq 数据中准确注释出 T 细胞的亚型及状态。 STCAT 首先会对输入的数据进行 T 细胞筛选，随后使用基于参考谱训练的模型对输入数据进行预测，最后使用标记基因对预测结果进行矫正。 在包括癌症和健康样本在内的六个独立数据集上验证发现， STCAT 的准确性比现有 主流 工具高出 28% 。