临床外显子组测序分析中的那些坑（下）

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22 号染色体是一条近端着丝粒染色体，所以在这条染色体的短臂上没有检出。同一条染色体的长臂和短臂上的这种末端缺失表明存在环状染色体。后续的核型分析显示，这确实是一个新的环状 22 号染色体（补充图 S9 ）。区分环状染色体与“常规”末端畸变是至关重要的，因为有丝分裂期间的不稳定性是环状染色体的一个众所周知特征。

随后的继发性畸变，如缺失区域的扩大，甚至受影响染色体的单体性，可能会对受影响个体产生相关的临床后果。对于 22 号染色体，这种风险与 2 型神经纤维瘤病（ NF2 ； OMIM#607379 ）有关，强烈建议随后对这些患者进行 NF2 特征的终身常规筛查。

另一个例子是来自智力障碍和癫痫患者的 WES 数据发现在 15q11.1q13.1 上识别出约 8.4 Mb 的终端重复。仅基于 WES 数据，尚不清楚这种重复是由间质复制还是由额外的数字标记染色体引起的。在后续的核型分析中，这一事件被证明是一条等双着丝粒标记染色体（ q13.1 ）（图 3D ），因此实际上是 q11q13.1 地区的四倍。这是一个与临床相关的发现，因为四体 15q 会引起许多非特异性特征，包括智力残疾、行为障碍、共济失调和癫痫（ Finucane et al. ， 1993 ）。

这些例子表明，也有必要具备细胞遗传学专业知识来解释 WES 。从微阵列数据中解释拷贝数变异的现有指南可以为来自外显子测序数据的 CNVs 的解释和后续随访提供指导。

图3D

6. 真正的致病变异可能在人群数据库中普遍存在

过滤常见变异是外显子组数据筛选的一个重要步骤，公开可用的数据库，如 gnomAD ，提供来自大群体队列的聚合变异信息具有很大的帮助，这种筛选的常用阈值消除了所有等位基因频率 >1% 或基于疾病频率和遗传模式的数据。当应用这种等位基因频率过滤时，有很多原因导致临床相关变异可能被错误地丢弃。

在一名智障患者中，我们检测到 DNMT3A 中的错义变异（ c.2204A>G ， p. （ Tyr735Cys ）； NM_022552.5 ）。然而，在 GnomAD 数据库中，这种变异也发生在 11 个人身上，因此最初被认为可能是良性的。几项研究现已指出，由于克隆性造血作用，健康个体体内可能会出现特定的变异，因此，这些（体细胞）变异在对照数据库中出现的频率相对较高，可以通过在老年人中过度表达（图 3E ）和低变异等位基因分数来识别。标记这些与克隆造血有关的基因很有用。当有疑问时，对替代组织进行有针对性的突变分析有助于区分体质变异和体细胞变异。

图3E

看似常见的致病性变异也可能是由于多聚体拉伸所致。基因中的多聚体延伸是容易发生聚合酶滑移的区域，可导致许多核苷酸的插入或缺失。这些变异可能以假阳性的形式出现在对照数据库中，但也可能是正在分析的测序数据中真正的致病变异。一个有趣的例子是从 PRRT2 基因（ NM_145239.3:c.641_649 ）中九个核苷酸的均聚体片段中删除或复制单个胞嘧啶（补充图 S10 ）。随后的 c.649del 和 c.649dup （ RS5877771 ）变异出现在 gnomAD 数据库中，等位基因频率分别为 0.96% 和 0.47% 。这些高频变异最初我们不认为这些变异是可能的致病变异。然而，这两种变异都被认为是致病性的，因为它们会导致 PRRT2 基因的移码，单倍体不足会导致癫痫、发作性运动诱发性运动障碍或两者兼而有之。

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