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25年可以蒙眼冲的中科院二区公开数据库纯分析思路

生信人  · 公众号  · 生物  · 2025-06-06 07:03

正文

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等。


当然可以,不过需要注意的是要考虑有没有数据,还有你关注的这个热点方向是不是相关。

比如脑部肿瘤,可能换成神经免疫,结果出现阳性的概率会更大。


欢迎大家找生信人来评估,适合你的分析思路。


最后来看下这篇文章,文章一共五张图,除此之外也没有什么附图,研究的方向也很好理解。


作者利用单细胞测序数据,主要是公开数据库的数据。找到了 骨肿瘤(包括尤文肉瘤、骨肉瘤和骨巨细胞瘤) 的数据,系统刻画了 肿瘤微环境( TME)中免疫细胞的代谢重塑和功能特异化。

文章识别 12 个具有不同功能和代谢特征的主要免疫细胞簇。初始 T 细胞表现出依赖氨基酸代谢的活化潜力,而 NK 细胞则依赖脂质代谢和三羧酸(TCA)循环发挥细胞毒性活性。巨噬细胞亚群表现出功能差异:C06 巨噬细胞采用脂质代谢以促进免疫抑制和组织修复,而 C04 巨噬细胞表现出与补体激活相关的促炎特性。细胞间信号传导分析显示 FN1 是免疫协调的中心调节因子,控制着 TME 内的细胞粘附、迁移和稳态。


结果:

一、 骨肿瘤免疫微环境的特征

Immune landscape of the bone tumor microenvironment

通过对 13 份骨肿瘤样本(4 例尤文肉瘤、4 例骨肉瘤和 5 例骨巨细胞瘤)进行单细胞 RNA 测序分析,我们利用基于 UMAP 的聚类识别出 12 个主要的免疫细胞簇(图 1B)。 T 细胞亚群在肿瘤微环境中也显示出相当大的异质性和特异化。初始 T 细胞(C09)以高表达 TCF7、IL7R 和 CD69 为特征,在早期抗原识别和分化中发挥重要作用[11]。记忆 T 细胞(C10)表现出高表达 GZMK、CCL5 和 IFNG,反映了它们的细胞毒潜力和效应记忆功能[12]。相比之下,调节性 T 细胞(Tregs)(C12)以高表达 FOXP3、CTLA4 和 TIGIT 为特征,在维持免疫稳态和促进免疫逃逸中发挥免疫抑制作用[13](图 1D)。我们的发现提供了骨肿瘤中免疫细胞多样性的全面概述,揭示了巨噬细胞和 T 细胞亚群的功能特异化及其在塑造肿瘤微环境中的作用。

二、 骨肿瘤中的免疫异质性和亚型特异性免疫动态

Immunological heterogeneity and subtype-specific immune dynamics in bone tumors

对免疫亚群的聚类分析识别出骨肿瘤样本中的三种免疫亚型(第 1 组 - 3 组),反映了免疫微环境的异质性(图 2 A, B)。统计分析显示,肿瘤类型之间免疫亚群的分布存在显著差异(图 2 C)。与骨巨细胞瘤相比,B 细胞(C01)在尤文肉瘤和骨肉瘤中显著富集(P

三、 骨肿瘤微环境中 T 细胞和 NK 细胞的代谢和功能可塑性

Metabolic and functional plasticity of T and NK cells in the bone tumor microenvironment

为了阐明骨肿瘤微环境中 T 细胞和 NK 细胞的免疫图谱和细胞动态,我们采用伪时间分析来绘制它们在不同状态下的分化轨迹(图 3A)。共识别出 5 种分化状态(状态 1-5),代表从初始到效应和调节表型的转变。基因集富集分析揭示了这些功能状态相关的代谢特性(图 3D,F)。初始 T 细胞(C09)在半胱氨酸和蛋氨酸代谢以及丁酸代谢途径中富集,表明它们依赖氨基酸和硫代谢来维持细胞准备和氧化平衡(图 3G)。相比之下,NK 细胞(C11)在甘油磷脂代谢、亚油酸代谢和柠檬酸循环(TCA 循环)中表现出显著富集,PRF1、KLRF1 和 SPON2 高表达,这些对于细胞毒性脱粒至关重要。此外,它们在精氨酸生物合成和醚脂代谢中的富集突出了它们对肿瘤微环境中营养波动的代谢适应性(图 3F,G)。这种代谢多样性强调了静止 T 细胞与高度活跃的 NK 细胞之间的功能差异。总之,骨肿瘤微环境中的 T 细胞和 NK 细胞表现出动态的功能和代谢可塑性,平衡免疫激活和抑制。

四、 骨肿瘤微环境中髓系细胞的动态分化和功能特异化

Dynamic differentiation and functional specialization of myeloid cells in the bone tumor microenvironment







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