颠覆传统诊断！鼻黏膜RNA测序成功揭秘引发纤毛运动障碍的HYDIN基因"隐形杀手"

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由于非遗传性 PCD 检测主要使用纤毛上皮细胞活检标本，因此从这些细胞中提取 RNA 是可行的。在本研究中，我们对从鼻腔黏膜提取的总 RNA 进行了 RNA 测序（ RNA-seq ），并使用外显子寡核苷酸进行文库富集，以获得足够的 HYDIN 转录本读长用于变异检测，并建立了一种基于 RNA 的筛选系统。我们还对基因组 DNA 进行了长读长扩增子测序，以确认这种变异检测的可靠性。

结果

1. 转录起始位点分析

‌ 富集 RNA 测序（ RNA-seq ）结果 ‌ ：通过富集 RNA 测序，在 HYDIN 基因的多个外显子区域检测到丰富的 reads 。相比之下，在 HYDIN2 中仅观察到源自 HYDIN 基因外显子重复区域的 reads （参考在线补充图 1 ）。

‌ 转录起始位点确认 ‌ ：利用 STRIPE-seq 技术，确认 HYDIN 的转录起始位点位于 NM_001270974.2 的第一外显子，而 HYDIN2 则没有检测到相应的转录起始位点（参考在线补充图 1 ）。

2. 基因组 DNA 污染评估

‌ 基因组 DNA 污染情况 ‌ ：通过比对 HYDIN 和 HYDIN2 基因序列中的独特差异（ HYDIN2 在 exon 46 有一个 15 bp 的缺失），评估了 RNA 样本中可能存在的基因组 DNA 污染情况。结果显示， HYDIN2 序列的中位数比例为 5.7% （ IQR ： 2.9–7.6% ），表明大多数 reads 来源于 HYDIN 转录本（参考在线补充表 3 ）。

3. RNA-seqreads 比对分析

‌ RNA-seq reads 比对 ‌ ：富集的 RNA-seq reads 成功与 HYDIN cDNA （ NM_001270974.2 ）序列进行比对。 HYDIN 的中位外显子长度（不包括最后一个外显子）为 166

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