正文
据《高丽史》载：“禾尺、才人不事耕种，相聚山谷诈称倭贼。”所谓“禾尺”、“才人”实际上就是归化于高丽的女真或契丹族后裔。但即便如此，此一时期的倭寇内部，日本人仍然是其构成的主导力量。
与“前期倭寇”不同，活跃于十六世纪中叶的“后期倭寇”以浙江、福建、广东诸省沿海地带为主要活动舞台，进行走私贸易。明朝嘉靖时期的倭寇成分更为复杂，期间存在大量中国籍海盗、走私集团。大量史料显示，此一时期倭寇相比较而言，非占主导地位的并非日本人。大部分是中国的走私海商及其追随者。比如根据史籍记载“大抵真倭十之三，从倭者十之七”，“闽浙江南北广东人多从倭者。大抵贼中多华人，真倭只十之一二。”
很多日本倭寇都是依附于华人的海盗集团，时人郑晓在其所著《今言》中说：“倭奴藉华人为耳目,华人藉倭奴为爪牙,彼此依附,出没海岛,倏忽千里,莫可踪迹。”
明嘉靖时期倭寇兴起的原因，与明朝的海禁政策有着千丝万缕的关系。明代之初东南沿海一带的倭寇不时与张士诚、方国珍的残部相勾结，扰乱东南沿海地区。让朝廷十分头疼。（及张士诚、方国珍分据东南海上，而遗孽窜岛中，两浙淮阳驿骚矣。）
洪武二年（1369年）“倭寇入寇山东海滨郡县，掠民男女而去。”朱元璋在获悉此事后，主动派使臣到日本交涉。其在诏书中写道：“间者山东来奏，倭兵数寇海边，生离人妻子。损害物命。故修书特报正统之事，兼谕倭兵越海之由，诏书到日，如臣，则奉表来廷；不臣，则备兵自固，永安境土，以应天休，如为寇贼，朕当命舟师扬帆诸岛，捕绝其徒，直至其国，缚其王。”然而日方的“九州征西将军”怀良亲王在接到信后，斩杀了五名使臣，其余悉数扣押。即便如此，朱元璋还是一再向日本派去使者，一再被拒绝也始终克制。“以蒙古之辙为鉴，终不加兵。”（所谓“以蒙古之辙为鉴”指的是元朝曾多次征讨日本，均因台风袭击而失败，日本的“神风”信仰就是因此而来。）
当朱元璋发现外交手段无法有效解决倭寇问题时，便对内在沿海地区采取“海禁”政策。规定“片板不许入海”，禁止民间私人海上贸易，只允许保留加以限制的官方朝贡贸易。然而对于福建、浙江、广东等沿海地区的百姓而言，不冒险突破“海禁”之令根本无法生存。明中叶以后，人口的增长使得原本可耕种土地面积就少的沿海地区压力倍增，不得不以海为田，下海求食。顾炎武在《天下郡国利病书》中指出，沿海省份“田不供食,以海为生,以津舶为家者,十而九也”。
另一方面明政府的海禁政策加上有限制的朝贡贸易体系，无法满足海外市场对中国商品的需求量。人口压力加之贸易需求的增长，使得沿海地区的走私规模日益扩大。（“海上之国方千里不知几也，无中国续绵丝帛之物则不可以为国。禁之愈严则其值愈厚，而趋之者愈众。私通不得则攘夺随之。”）
嘉靖二年（1523年）发生在宁波的“争贡”事件，被史学家们普遍定义为“后期倭寇”的发端。按照规定，维持明朝与外国的朝贡贸易关系是由市舶司负责的，外国船舶必须持有明朝政府颁发的“勘合”做为凭证，方可前来贸易。事件起源于日本大名细川氏和大内氏各自派遣使团来华贸易，两团在抵达浙江宁波后因为勘合真伪之辩而引发冲突。据嘉靖《宁波府志》记载：“两夷仇杀，流毒廛市。”
此事件导致明朝政府决定废除了浙江、福建市舶司，仅保留广东市舶司一处，由此明朝与日本的贸易途径中断，为后来的倭乱埋下伏笔。
自嘉靖三十二年（1553年）起，倭寇之患达到顶峰。严重威胁到沿海地区的安全，“联舟数百，拥众数万……贼至必焚毁室庐而烟焰数十里,劫杀人民而死亡动则数千人。”
1555年，戚继光调任浙江都司佥事，分守宁波、绍兴、台州三府。
