微生物分析——R语言绘图篇1

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2.     热图

输入文件 ：tax_table.g.txt, 物种丰度表（与上同）

group.list，样品分类信息表，格式如下：

图形实现 ：

#文件输入

data

group

#设置group行名

colnames(group)

#设置数据框annotation_col（只有一列Group，且行名为样本名）

annotation_col

rownames(annotation_col)

#安装并加载R包pheatmap

install.packages('pheatmap')

library(pheatmap)

#画图

pheatmap(head(data,n=30))

注：提取前30个物种相对丰度值画热图，如图所示图形很丑。为了看一个物种在不同样本中的丰度分布，需要消除样本间差异，即对丰度表进行标准化处理。

pheatmap(head(data,n=30),scale='row')

注：scale设置标准化参数，取值为“row”“column”或“none”

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