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纽结和链环在生活中无处不在。图片来源:pixabay.com
看似平常的纽结和链环,却是物理和生物科学领域永恒的主题。
在分子尺度实现复杂分子拓扑结构的设计,在化学界是一个相当大的挑战
,这不仅需要高精度的操控分子间相互作用而成结,还要控制一定的成结位置和手性(注:手性是指物体与其镜像不重合的特性,典型的例子即为人的手和脚)。
刘迪2011年本科毕业于南京大学化学系,本科期间在郭子建老师课题组研究设计能够光激活的铂类抗癌药物。本科的所有学科平均绩点94/100,专业课96/100。
同年刘迪赴美国芝加哥大学化学系攻读博士学位,目前研究的课题是核酸纳米技术及其在生物医学的应用,预计今年年底毕业。研究生期间平均绩点为4.0/4.0。
此外,刘迪目前受霍华德·休斯医学研究所国际学生奖学金(HHMI International Student Research Fellowship)的支持。
超螺旋DNA分子结构
生物学领域最天然的拓扑结构就是DNA分子结构。DNA分子具有可编程特性,并且在活细胞生物过程如基因复制、转录和重组过程中DNA分子拓扑结构扮演重要的意义,这使得
DNA分子成为构造复杂拓扑结构化学分子最适用的分子模板。
DNA分子链本身非常长,其自身会盘绕成超螺旋结构以适应细胞核的大小。这种超螺旋态就是一种类似于打结的效应,就像把一段长绳来回穿梭缠绕,DNA分子的片段来回收缩、缠绕回自身的主链,这种紧实的超螺旋结构影响着DNA的功能。
图片来源:top10latest.com
当DNA分子进行复制时,DNA拓扑异构酶将剪断并解开DNA超螺旋结构,释放DNA链中的张力。紧接着,剪断的DNA片段末端会重新聚合以保证DNA的功能性。
该过程是如此的复杂,以至于该酶的发现者—哈佛大学王卓(James Wang)—称赞它为“DNA世界的魔术师”
。正是该过程显示了DNA拓扑异构酶能够作为抗癌药物的首要靶标:
如果癌细胞中的DNA拓扑异构酶失效了,这将影响癌细胞正常的DNA功能,那么癌症细胞必死无疑。
刘迪及其所在的威茨曼团队设想利用这种打结的DNA分子拓扑结构作为探针来探测拓扑异构酶的活性,进而研究癌细胞在抗癌药物作用下的响应,以此来筛选有效的抗癌药物。
设计思路