#Python#提取基因对应的蛋白质名

正文

请到「今天看啥」查看全文

import urllib,urllib2 # uniprot的api端口 url = 'http://www.uniprot.org/uploadlists/' # 提交的参数 params = { # 将什么ID转化成什么ID， from to # 目前没发现能够转换成多种不同的ID，只能一一转化 'from' : 'ACC' , 'to' : 'P_REFSEQ_AC' , # 返回结果的格式 'format' : 'tab' , # 要转换的ID 'query' : 'P13368 P20806 Q9UM73 P97793 Q17192' } # 因为http传输的是bytes等，因此需要将参数转码 data = urllib.urlencode(params) # 通过Request指定获取哪台服务器的什么信息 request = urllib2.Request(url, data) # 你自己的邮箱，如果有问题，人家好联系（比如API使用的频率太高，人家服务器受不了） contact = "" # Please set your email address here to help us debug in case of problems. # 添加相应的标准提取头，不是这个信息，应该就提取不到任何信息了 request.add_header( 'User-Agent' , 'Python %s' % contact) # 打开url，获取服务器返回的信息 response = urllib2.urlopen(request) # 就只读取前多少个字符 page = response.read( 200000 )

由于我是python3的使用者，所以，没法拿来主义，经过简单修改就正常使用了

经过对众多ID的测试之后发现，其他ID转化成ACC的时候，包含的信息量格外的多，其中就有我急需的蛋白质名称，因此，通过将一个基因名转化成ACC来测试一下看看，能不能提取到该基因编码蛋白的所有名称

请到「今天看啥」查看全文