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然而研究人员并不清楚随着婴儿慢慢长大后期机体所发生的变化，但研究者们认为，通过剖腹产出生的婴儿不仅机体中含有不同种类的细菌，而且其很有可能患上过敏症和免疫系统相关的疾病，比如哮喘症等。
微生物群落和癌症风险
机体肠道和免疫系统之间存在着密切的关联，正如我们机体肠道菌群能够控制免疫系统一样，机体的免疫系统还能够控制肠道菌群，有研究表明，这种相互作用在决定个体患癌风险上扮演着关键的角色。
缺失特定免疫分子（抗炎性细胞因子）的小鼠往往免疫反应会变得迟缓，而且其机体肠道中有害细菌的水平较高，这意味着，强大的免疫反应能够确保有害细菌在肠道中的水平并不会太高。相比机体中抗炎性细胞因子水平充足的小鼠而言，这些小鼠同时对肠癌也较为易感，这种升高的癌症风险能够通过粪便移植而转移到正常小鼠机体中，这其中就包括从供体小鼠机体中收集粪便，随后移植到受体小鼠机体中。
来自供体小鼠机体中的粪便中含有能够反映其肠道菌群的细菌，这种高风险小鼠机体的粪便中含有许多有害细菌，一旦其被转移到受体小鼠机体后，这些细菌就会在受体小鼠肠道中迅速繁殖，并且改变受体小鼠肠道的微生物组成。研究人员通过研究发现，当新型的肠道菌群在受体小鼠机体中建立后，其患肠癌的风险就会增加。
最近一项在人类机体中进行的研究就得出了与上述研究平行的结果，而且研究者还发现，长期使用抗生素或许会增加个体患肠癌的风险。众所周知，抗生素能够干扰肠道菌群的组成，就好像在缺失抗炎性细胞因子小鼠机体的表现那样，最终会导致小鼠机体中有害细菌的水平升高以及患肠癌风险的增加。
肠道菌群和化疗
此前，一篇刊登在国际著名杂志Nature上的综述文章中，研究人员就阐明了肠道菌群在患者对化疗产生反应过程中所扮演的关键角色；研究者发现，肠道菌群能够以两种方式来确定化疗的效力，即通过激活化疗药物，或者是通过与机体免疫系统的相互作用。研究人员在缺失肠道菌群的小鼠中已经对上述机制进行了详细地描述了，诸如无菌小鼠，其在完全无菌的环境中进行繁殖，这些小鼠并没有暴露于外部的细菌中，而且其机体中的任何部分也不含有细菌。
