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KEGG是什么身份，总让它GO？

解螺旋 · 公众号 · 医学 · 2025-05-06 17:41

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图解

GOKEGG分析在文献中一般有三种常见展现形式，第一种是表格，第二种是柱状图，第三种是气泡图。一般原始数据就是表格的形式，可以利用表格的数据进一步可视化绘制柱状图和气泡图。

表格

ONTOLOGY： 类目，包括 BP、CC、MF、KEGG。

ID ：对应的功能或者通路的ID编号，由数据库给定。

Description ：对应的功能或者通路的名字，详细信息。

GeneRatio ：输入的分子与对应ID条目内分子的交集总数/输入的分子与库内（BP、CC、MF 和KEGG 都是分开的注释库）总的有功能注释的分子的交集总数。

BgRatio ：对应ID条目内分子总数/库内（BP、CC、MF和KEGG都是分开的注释库）总的有功能注释的分子的交集总数。

pvalue ：超几何分布检验统计的p值。

p.adjust ：通过p值校正方法得到的校正后的p值。

qvalue ：通过p值校正方法得到的校正后的q值，也称为FDR，代表错误率。

geneID ：输入的分子（经过ID转换后）与对应ID条目内分子的交集的具体的分子 ID。

Count ：输入的分子（经过 ID 转换后）与对应ID条目内分子的交集总数。

柱状图：

横坐标 ：GeneRatio：这里是一个分数，分子是富集到这个GO条目上的gene的数目，分母是所有输入的做富集分析的gene的数目，可以是差异表达分析得到的gene。GeneRatio 的值越大，表示该功能或通路在富集基因中出现的频率较高，相对于总体基因集合而言更显著。反之较低，或者可能不具有显著富集。

纵坐标 ：BP分类下的不同pathway，功能。

图解：图中可以看到富集在不同function中的基因数量，柱的长度越长，富集在该pathway的基因数量越多；柱的颜色代表P值，P值越小，富集越可靠。

如果是气泡图的话，圆圈大小表示富集的基因数目