玩转 TCGA 数据库 - 转录组分析（二）

SummarizedExperiment 对象包含三个可通过 SummarizedExperiment 包访问的主要矩阵：

• 样本矩阵信息通过 colData(data) 访问：存储样本信息。TCGAbiolinks 会添加来自 TCGA 标志性论文的索引临床数据和亚型信息。类似于表达矩阵的列名，代表样本名，不过对这个样本名进行了多个信息记录。
• 检测矩阵信息通过 assay(data) 访问：存储分子数据。没有行名和列名的矩阵。
• 基因矩阵信息（基因信息）通过 rowRanges(data) 访问：存储特征的元数据，包括其基因组范围。类似于表达矩阵的行名，基因 ID 一样，不过对这个 ID 进行了多个信息记录。

说的通俗一点，这个结构相当于一个表达矩阵，不过我分成了三部分储存，一部分是行名（基因信息），一部分是列名（样本信息），一部分是矩阵（counts, TPM等）。

基因信息

我们分别谈每一部分，先看基因信息。

# 可以直接查看
data@rowRanges

# 也可以使用 SummarizedExperiment 对象专有提取命名。这里的rowRanges可以一个函数命令哦。