scATAC-seq数据分析之数据读入及质控

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列名	含义	备注
total	该条形码对应的 总片段数（reads数）	包括所有片段，不区分好坏。
duplicate	重复片段数量 （duplicate fragments）	PCR扩增造成的冗余片段，需要去除。
chimeric	嵌合片段数量 （chimeric fragments）	不同DNA片段拼接产生的异常reads。
unmapped	未比对片段数量 （unmapped fragments）	无法对齐到参考基因组的reads。
lowmapq	低质量比对片段数量 （低于MAPQ阈值）	低置信度的比对结果。
mitochondrial	线粒体来源片段数量 （来自mtDNA）	比例高通常提示细胞膜破损，低质量。
nonprimary	非主要比对片段数量 （non-primary alignment）	多比对位置时，非主比对。
passed_filters	通过预过滤的片段数量	高质量、正确比对、去重复后的片段数。
is__cell_barcode	是否是细胞条形码 （1是，0否）	0通常是背景条形码（非细胞），如 NO_BARCODE。
excluded_reason	排除原因代码	0表示没有排除，其他数字代表具体排除原因（例如空滴、低片段数等）。
TSS_fragments	落在转录起始位点（TSS）附近的片段数量	反映启动子区域活性。
DNase_sensitive_region_fragments	落在 DNase敏感区域 的片段数	DNase-seq标注的易感区域。
enhancer_region_fragments	落在 增强子区域（Enhancers） 的片段数	反映调控区域的活性。
promoter_region_fragments

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