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安利一波lncRNA研究新工具,高分文章不用愁

解螺旋  · 公众号  · 医学  · 2017-11-12 17:59

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ceRNA相关数据库


在通过芯片或高通量测序以及相关验证试验确定lncRNA后,可先通过NONCODE (http://www.noncode.org) 和lncRNAdb  (http://www.lncrnadb.org/) 掌握该lncRNA的序列大小、染色体定位、其表达的时间/组织特异性等信息,尽量做到知根知底。


老话常说,屁股决定脑袋,所以lncRNA的定位就成为其功能行使的关键因素。而基于此,RNALocate (http://www.rna-society.org/rnalocate/index.html) 和LncATLAS (http://lncatlas.crg.eu/) 这两个数据库则可如GPS般精准定位lncRNA在细胞内的位置。而一旦确定lncRNA是定居胞质内,那么ceRNA机制研究方向就是板上钉钉了。


至于该lncRNA勾搭(结合)的是哪家miRNA、骚扰(影响)的又是哪个mRNA,以下这6个数据库排着队等你翻牌子,并会全力以赴帮你屡清楚ceRNA中三大主角之间错综复杂的关系:


1.DIANA-LncBase v2——http://www.microrna.gr/LncBase

2.LNCediting——http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/

3.NPInter v3.0——http://www.bioinfo.org/NPInter/

4.lncReg—— http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/

5.LNCipedia v4.0——http://www.lncipedia.org

6.LncRNAMAP——http://lncRNAMap.mbc.nctu.edu.tw/


如此思路清楚了,再辅以体内、体外实验,一篇ceRNA的文章不就出炉了么?








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