专栏名称: 生信圈
关注生物医学大数据、以及数据分析方法在转化医学研究中的应用进展,讨论与生物信息相关的一切话题。
目录
相关文章推荐
51好读  ›  专栏  ›  生信圈

迄今为止最大规模:1000个新参考基因组数据发布!

生信圈  · 公众号  ·  · 2017-06-15 21:26

正文

请到「今天看啥」查看全文


与以前已完成的和基因组草图相比,可作为系统发育多样性函数的新增蛋白质家族增加了10.5%。GEBA基因组项目从4650个样本中募集了2500万种从未被赋值的宏基因组蛋白,完善了它们的系统发育和功能解释。

研究人员还发现了许多生物合成簇,并用实验证实了具有潜在抗微生物活性和新化学结构的发散型吩嗪簇。

这1000(974个细菌和29个古细菌)多个基因组的发布足足用了将近10年,最开始的56个GEBA基因组数据公布于2009年。研究人员从海水、土壤、植物、奶牛瘤胃、白蚁内脏等地方把微生物分离出来。

基因组测序和分析工作通过DOE JGI的社会科学项目完成,1003个基因组的发布则通过综合微生物基因组和微生物系统(Integrated Microbial Genomes with Microbiomes,IMG/M),所有与基因组标准协会相关的宏基因组数据已通过基因组在线数据库(Genomes OnLine Database)。

所有基因组一经测序就被立即公开发布,最大限度地为更多学术团体提供帮助。随着1003个高质量的参考基因组信息的发布,全世界对此感兴趣的科学家们便可用于表征、次生代谢产物生物工程或特定条件下的酶功能等研究。

很明显,细菌可以刺激生物技术创新,如链球菌生产的Cas9蛋白对CRISPR-Cas9基因编辑工具的贡献。实际上,埋藏于细菌和古细菌门之后的隐藏技能开发之旅才刚刚开启。







请到「今天看啥」查看全文