Peaks 筛选过滤策略

生信菜鸟团 · 公众号 · 生物 · 2025-04-07 18:19

正文

我们一对一进行 callpeak

GLU1=bam/SRR3033154.bam
GLU2=bam/SRR3033155.bam

ETH1=bam/SRR3033156.bam
ETH2=bam/SRR3033157.bam

macs2 callpeak -t $ETH1 -c $GLU1 --gsize 1E7  --name ETH1 --outdir ETH1/ 
macs2 callpeak -t $ETH2 -c $GLU2 --gsize 1E7  --name ETH2 --outdir ETH2/

$ wc -l ETH1_summits.bed
90 ETH1_summits.bed

$ wc -l ETH2_summits.bed 
87 ETH2_summits.bed

继续看第一个peak

可以看到单独样本 peak 的峰值位点都不太一样，也可以看出合并样本的包容性似乎是最强的。

单样本分开分析就可以评估样本的重复性。推荐两个工具吧。

$ bedtools jaccard -a ETH1/*narrow* -b ETH2/*narrow*
intersection    union   jaccard n_intersections
10090   17339   0.581925        58

指标	含义
intersection	两重复峰区域重叠的碱基数（bp）
union

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