正文
基于环寡核苷酸的噬菌体信号系统(CBASS)是一个广泛存在的抗病毒细菌和古细菌免疫系统家族,与哺乳动物的cGAS-STING先天免疫途径同源。
CBASS由cGAS/ Dncv样核苷酸转移酶或Cdn酶(CD-NTase)组成,Cdn酶是一种细菌cGAS同源物,可感知噬菌体感染并合成信号环寡核苷酸。这些信号激活
CD-NTase相关蛋白(Cap)效应物,在噬菌体复制完成之前诱导受感染细胞死亡或生长停滞,从而抑制病毒繁殖。
除了环化酶和效应组分外,某些CBASS操纵子还编码具有调节功能的辅助蛋白。
在CBASS免疫中,一个关键过程涉及Cap效应对
CD-NTase产生的特定核苷酸第二信使的反应,导致重要细胞成分的降解和流产感染的启动。
许多Cap效应体呈现双结构域结构,包括用于核苷酸识别的专用“传感器”结构域和负责发挥细胞自杀功能的酶或毒素样“效应体”结构域。Cap效应器的模块化设计允许CBASS防御系统的多样化,通过传感器和效应器域融合的替代组合来降解基本的细胞成分。相比之下,核酸酶
CD-NTase相关的(NucC)使用单一结构域来执行传感器和效应功能,
一些Cap效应物,如CapV和Cap16,可以响应核苷酸第二信使而不具有识别的核苷酸结合结构域,这表明能够选择性识别核苷酸第二信使的其他机制有望被揭示。
文章模式图(图源自
Cell
)
针对噬菌体感染,
CBASS介导的细胞死亡是通过大量的效应蛋白来完成的
,包括降解细胞膜内磷脂的patatin样磷脂酶效应物(如CapV和CapE),诱导不加区分的双链DNA (dsDNA)降解的核酸酶效应物(如Cap4、Cap5和NucC),参与寡聚介导的细胞膜破坏的跨膜结构域效应物(如Cap15和Cap14),以及含有
TIR结构域的效应器(例如,TIR-STING和TIR-SAVED),它们催化NAD
+
的快速降解。最近的深入研究已经阐明了核酸酶、跨膜和含红外效应物的分子基础。
然而,CBASS磷脂酶的详细机制(第一个发现和最广泛的效应之一),仍然是未知的。
patatin样磷脂酶直接响应细菌核苷酸第二信使,然后被激活降解膜磷脂,导致膜破裂和最终的细胞裂解。
已知的第一个CBASS磷脂酶是来自霍乱弧菌的CapV,它对所有CBASS系统的创始成员DncV二核苷酸环化酶合成的3 ' 3 ' -cGAMP有反应。此外,在大肠杆菌中发现了CapV的同源物CapE。CapE特异性识别环状UMP-AMP (cUMP-AMP, cUA),这是由CdnE合成的,是DncV的同源物。这一发现为研究人员对CBASS系统内复杂的相互作用的理解增加了一层特异性。然而,
CBASS磷脂酶效应如何识别核苷酸信使的分子基础、信使分子诱导效应激活的机制以及随后的磷脂酶降解——所有这些构成整个过程的综合分子基础——仍然难以捉摸,阻碍了充分开发潜在的CBASS磷脂酶相关应用的努力。
该研究发现CBASS磷脂酶在核苷酸信号识别诱导下形成活性丝状低聚物,并进一步利用冷冻电子显微镜(cryo-EM)和X射线晶体学的结合,确定了CBASS磷脂酶在无活性二聚体和活性高阶状态下的高分辨率结构,无论是否有底物结合。
这些结构发现,加上功能分析,揭示了许多以前未预料到的CBASS磷脂酶组装和激活机制。