新课第四期，7 月 | 单菌基因组组装、注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源

主要观点总结

文章介绍了易生信培训团队开设的单菌基因组相关课程，包括线上和线下课程的时间、内容、适用范围和课程安排等。文章还强调了微生物全基因组测序技术的进展和课程的重要性。

关键观点总结

关键观点1: 课程涵盖内容和适用范围

课程旨在利用全基因组测序（WGS）数据，研究单个微生物物种的特征菌株或病原体毒株基因组，包括基因组组装、基因注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源。

关键观点2: 课程内容

课程包括系统教学与实操，涵盖从基本概念、研究案例、采样原则、数据分析到图表输出和结果解读等。

关键观点3: 适用人群

课程适用于微生物学、进化生物学、传染病/流行病学、临床微生物检验、公共卫生领域的相关学生或研究人员。

关键观点4: 课程资源和模式

课程提供计算平台、课件、流程代码、生信软件、配套数据库、课程直播、视频回看和答疑群等资源，帮助学员快速部署流程，熟悉操作方法，强化编程技能，完善理论学习，提升专业技能。

关键观点5: 课程安排和特点

课程包括课前准备工作和具体的课程内容，每节课1小时一个主题，理论结合实战，提供单菌基因组分析流程和课程主线，涵盖从基因组组装到传播溯源等各个方面。

正文

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直播与回放。在直播课程上，会带领学员一步步完成数据分析，并穿插讲解课件。在线视频回看不限次数，涵盖全部直播过程。理论配合实操，理解技术要领，利于回顾、审查和优化分析流程。

流程和代码。本课程提供搭建好的单菌基因组分析流程，主要基于Linux系统、R语言和部分Python脚本，以应对繁重、批量化的计算任务，同时保持整体分析的灵活性和可重复计算。代码，记录了分析的过程和细节，存档在计算机中，便于使用、回顾、审查、优化、发表和共享。一些在线数据分析与可视化工具，能够简化相对固定的分析模块，可配合使用。

分析流程和课程主线

课程大纲和时间安排

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战操作，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课。（实际上课时顺序会略有调整）

01、02和03是课前的准备工作 (提前观看软件安装视频，或参加提前进行的软件安装直播)。

编号	主题	简介
01	系统与软件	Bioconda , Git , R, Rstudio, R包，PC软件安装等 , Ubuntu子系统
02	编程基础	Linux系列教程 , Linux常用命令 , 生信程序基础课节选
03	Linux软件安装	Conda安装与配置, 相关软件安装
11	组装	基本概念, 测序质量评估 (NGS/TGS)
12	组装	全基因组从头 (De novo)组装
13	组装	Nanopore/PacBio组装的NGS纠错
14	注释	基因组草图过滤、排序及评估, 物种鉴定
15	注释	多位点序列分型 (MLST), 表型预测 (耐药/毒力)
16	注释	功能基因注释, 泛基因组分析、构树及绘图
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