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Science | 细胞内的神秘邮政编码:蛋白质如何精准找到自己的"工位"?

生物探索  · 公众号  · 生物  · 2025-03-09 15:30

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仅需输入完整氨基酸序列,就能计算蛋白质在核仁、应激颗粒(Stress granule)等无膜结构的分布概率
这就像发现蛋白质除了折叠密码外,还有第二套语法系统。更令人震惊的是,当研究人员用马尔可夫链蒙特卡洛算法(Markov Chain Monte Carlo)生成全新蛋白质时,40%的人工设计序列成功定位到目标区室——这个成功率是传统方法的7000倍!

核仁定位蛋白:AI设计的分子导航仪
在最具挑战性的核仁定位实验中,研究团队创造了10个全新蛋白质(NUC1-10)。这些100个氨基酸长度的序列通过荧光标记(mCherry)在活细胞中展现惊人表现:
NUC1/2/5/6在核仁的富集浓度是对照组的8-15倍
即使移除经典核定位信号(NLS),仍能精准定位
动态追踪显示,人工蛋白在核仁内形成与天然蛋白相似的动态液滴
这证明定位密码是分布式存在的,不依赖特定Motif。
这种特性解释了为何传统方法难以破解定位规律——就像中文的语义需要整句理解,定位密码也分散在整个氨基酸序列中。

致病突变的"导航故障"
研究团队分析了ClinVar数据库中的205,182个致病突变,发现:

截短突变(Truncation)
使蛋白质定位确定性(Shannon熵)下降37%
83%的病例出现区室预测偏移(Wasserstein距离>0.1)

点突变(Missense)
仍有52%改变定位模式
典型案例如RBM20基因突变导致剪接因子(Splicing factor)错误定位于细胞质

通过构建20个致病突变体的活细胞模型,研究人员观察到:
亨廷顿病相关HTT蛋白在突变后形成异常聚集
乳腺癌易感基因BRCA1的核斑定位完全丧失
阿尔茨海默病相关TAU蛋白出现轴突运输紊乱

这为3000多种病因不明的遗传病提供了全新视角。

从实验室到临床:医疗新纪元的曙光
这项发现正在催生三大革命性应用:
1. 精准药物设计
已有抗癌药物通过区室富集效应提高疗效(如转录condensate靶向剂)






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