微生物扩增子分析流程——聚类OTU和物种注释

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-o 输出文件夹；

-m 聚类方法， sortmerna, mothur, trie, uclust_ref, usearch, usearch_ref, blast, usearch61, usearch61_ref,sumaclust, swarm, prefix_suffix, cdhit, uclust共14种可选，默认为uclust；

-c 聚类算法，furthest, nearest, average三种可选，默认为furthest;

-s 相似度，默认为0.97；

--minlen=MINLEN 序列最短长度，默认为64；

--usearch_fast_cluster 快速比对，默认为false;

-r 参考序列

-z 容许序列反向后聚类，默认为false;

--threads=THREADS 线程数目，默认为1。

输出文件;

sample_otus.log #日志文件,程序运行的一些参数等信息，见图1

sample_otus.txt # 聚类结果文件，第一列为OTU编号，后面为序列名称，每条序列以tab隔开，见图2

图1 日志文件

图2 聚类结果文件

选取代表序列

由于每个OTU中的序列不完全相同，因此需要选取一条代表性序列作为该OTU的序列，用于后续分析；

python pick_rep_set.py -i sample_otus.txt -f sample.fa -o sample_rep_set.fasta

参数说明

-f

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