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破译生命的多维密码:一文了解 NEB 科学家如何以创新测序技术重塑基因组学未来

测序中国  · 公众号  ·  · 2025-05-27 12:10

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ReCappable-seq: 在Cappable-seq的基础上 [5] ,利用酵母清道夫脱帽酶(yDcpS)将加帽RNA转化为二磷酸化RNA,再通过天花痘病毒加帽酶“重新加帽”,从而捕获RNA聚合酶II和非RNA聚合酶II衍生的转录本。该技术能够同时富集mRNA和非加帽初级转录本,实现全基因组范围内单核苷酸分辨率的转录本分析。


SMRT-Cappable-seq: 整合长读长测序优势,完整解析细菌操纵子结构。该技术捕获未片段化的转录本的 5' 端三磷酸基团,利用 PacBio 单分子长读长测序从 TSS 到终止位点进行测序 [6] ,保留操纵子的 5' 和 3' 端信息,有助于识别细菌操纵子。


应用案例




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抗生素耐药菌研究: SMRT-Cappable-seq 捕捉到多基因操纵子的协同表达动态,为耐药基因传播机制提供了关键证据。


三、染色质可及性分析:从“基因沉默”到转录激活


技术原理突破:

在细胞核内,哺乳动物的 DNA 与蛋白质和 RNA 共同构成染色质。染色质的可及性对于基因表达和细胞发育至关重要。 NEB 的科学家们开发出了 Universal Nicking Enzyme-assisted Sequencing(UniNicE-seq)和 Nicking Enzyme-assisted Viewing and Sequencing(NiCE-view-seq)技术 ,用于单碱基分辨率水平上捕获和揭示开放染色质位点(OCS)以及转录因子的结合情况


UniNicE-seq: 利用特异性的切刻酶对开放染色质区域进行标记,无需固定处理,保留了染色质的动态性 [7,8] 。该技术适用于多种样本类型,包括细胞系(固定和未固定)、哺乳动物或植物组织核、冷冻组织切片以及福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织切片。UniNicE-seq 能够在 25 - 250,000 个细胞的起始量范围内实现高分辨率分析,还可实现自动化操作,大大简化了实验流程。


NiCE-view-seq: 引入荧光标记,实现染色质动态的原位可视化。该技术通过共聚焦显微镜直接观测染色质开放区域在药物处理后的时空变化,为表观遗传药物筛选提供了直观工具 [9]


应用案例






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