利用OpenBabel生成多个构像

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is molecule / new1 . mol2

2. Confab

Confab 生成分子的低能量构像分子集合。设置命令为 -- confab ,同样可以使用 obabel - L confab 进行查看了解。 使用简单的设置操作如下:

obabel <inputfile> -O <outputfile> --confab [confab options]

其还有一个额外的应用就是 confabreport format ，如下:

obabel <inputfile> [-O <outputfile>] -o confabreport -xf <reference_file> [-xr <rmsd>]

主要是为了和初始构像进行比较。

下面是其中一个例子，首先生成100K个构像:

> obabel bostrom.sdf -O confs.sdf --confab --conf 100000
**Starting Confab 1.1.0
**To support, cite Journal of Cheminformatics, 2011, 3, 8.
..Input format = sdf
..Output format = sdf
..RMSD cutoff = 0.5
..Energy cutoff = 50
..

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