专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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TPM值就是RPKM的百分比

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2017-11-04 22:33

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我不喜欢看公式,直接说事情,我有一个基因A,它在这个样本的转录组数据中被测序而且mapping到基因组了 5000个的reads,而这个基因A长度是10K,我们总测序文库是50M,所以这个基因A的RPKM值是 5000除以10,再除以50,为10. 就是把基因的reads数量 据基因长度和样本测序文库来normalization







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