Genome Biol | 鲁志/李梦涛/毛明惠团队合作发表针对cfRNA片段组学分析新方法，助力多...

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该 研究 还 强调了低丰度、潜在组织来源 cfRNA信号在液体活检中的 临床应用 价值。

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在RNA测序数据中检测到大量来自长RNA前体的片段化信号峰区

为了确认在体液细胞外数据中也可以检测到稳定的 cfRNA信号，研究团队对比了细胞内CLIP-seq（CL-CLIP-seq）、细胞内小RNA-seq（CL-smRNA-seq）和细胞外小RNA-seq（CF-smRNA-seq）的读段覆盖图谱。使用经典的CLIPper工具进行传统的峰值/峰区的识别/检出。在已知cfRNA种类的转录本中展示了四个示例区域（峰区所在转录本）。总体上， 对于未捕获或未免疫共沉淀的测序数据，如CL-和CF-smRNA-seq，不同转录本类型中均存在可稳定识别的峰区信号 。

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建立来一套适用于体液中片段化RNA的敏感的峰区识别工具cfPeak和数据分析框架cfPeak-pipe

考虑到该研究之前提到的不同工具的差异，在使用传统的峰区识别工具探索片段化 cfRNA时，可能会面临建模不恰当或参数不适合的风险。为此，研究团队引入了信号峰区识别方法cfPeak来填补这一空白。 cfPeak借鉴了其他方法的多项优点，整体可分解为六个主要模块（图 3 A），并搭建了片段化cfRNA峰区分析的整个流程（图3B） 。

为了在理想条件下更好地评估不同方法的性能和检测极限，研究团队还对血浆 cfRNA的多组织来源特点进行了简化和建模，将其视为由主要来源（如血细胞来源）和次要来源（如结肠组织/细胞来源）组成，并人工生成了测试数据集（图 3 C）。研究团队进一步在该人工数据集中测试了cfPeak， 发现其能够更敏感地检测到RNA混合物中次要来源的低丰度峰区 （在50%、5%和0.5%次要来源比例下的召回率分别为90%、90%和70%），这些峰区在传统方法中常被忽略或遗漏（图 3D ）。

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cfpeak应用于肿瘤液体活检的多个场景

在被应用到肿瘤液体活检时， cfPeak在体液数据中有效识别了与结直肠癌相关的cfRNA信号峰（ 图 4AB ），并提供了有关实体瘤位点（ 图 4CD ）和口腔癌转移（ 图 4EF ）的信息 。临床应用中的结果揭示了癌组织起源的低丰度 c fRNA 的重要性，表明 cfPeak具有在 血浆样本中识别出具有癌症检测、癌种区分及转移状态指示能力的 片段化 cfRNA峰 区 信号 的潜力

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