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R绘制箱线图

生信百科  · 公众号  · 医学  · 2017-07-29 09:55

正文

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公式用法

usage(boxplot, "formula")

boxplot(formula, data = NULL, ..., subset, na.action = NULL)

boxplot是一个泛型函数,它可以适应不同的参数类型,支持公式(formula)和数据两种参数类型。参数x为一个数值向量或者列表,若为列表则对列表中每一个子对象依次做出箱线图;range是一个延伸倍数,决定了热箱线图的末端(须)延伸到什么位置,这主要考虑到离群点的原因,在数据中存在离群点的情况下,将箱线图末端直接延伸到最大值和最小值对描述数据分布来说并不合适(图形缺乏稳健性),所以R中的箱线图默认只将图形延伸到离箱子两端range * (Q3-Q1)处,即上下四分位分别加/减内四分位距(Interquartile Range,简称IQR )的倍数,超过这个范围的数据点就被视为离群点,在途中直接以点的形式表示出来;width给定箱子的宽度;varwidth为逻辑值,若为TRUE,那么箱子的密度与样本量的平方根成比例,这在多批数据同时画多个箱线图时比较有用,能进一步反应样本量的大小;notch也是一个有用的逻辑参数,它决定了是否在箱子上画凹槽,凹槽所表示的实际上是中位数的一个区间估计,其计算式为Q2+/-1.58IQR/√ ̄n(McGill et al., 1978; Chambers et al., 1983),区间置信水平为95%,在比较两组数据中位数差异时,我们只需要观察箱线图的凹槽是否有充重叠部分,若两个凹槽互不交叠,那么说明这两组数据的中位数有显著差异(P值小于0.05);horizontal为逻辑值,设定箱线图是否水平放置;add设置是否将箱线图添加到现有图形上;其他参数诸如设置箱子颜色、位置、更详细的宽度等参见?boxplot。







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