专栏名称: 泛生子基因

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【GeneThinkTank】肺癌液体活检应用特辑——复发监测研究篇

泛生子基因 · 公众号 · 医学 · 2017-07-13 19:49

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），旨在明确术后血液中ctDNA的动态变化与肺癌复发转移之间的关系。

实验设计

实验流程如图1，作者发表在NEJM的一篇关于TRACERx研究的文章中，已经对这些患者原发灶的不同区域进行了测序及进化分析，本研究作者就根据肿瘤组织中的进化分析结果定制了血液检测panel（含克隆以及亚克隆的突变），从而便于对不同患者血液中的ctDNA进行动态的进化追踪；对100名患者术前以及复发后的cfDNA(血浆游离DNA)进行提取、NGS方法测序后，对患者血液中的突变情况进行进化分析。

图1. ctDNA进化追踪的研究方法概览

研究结果

1、 ctDNA的检测结果与早期NSCLC患者临床病理的关系

图2a所示为临床病理和ctDNA检测数据分析热图，TBR指肿瘤含量；Ki67是一个细胞核增殖指数，数值越高，说明细胞增生越活跃，主要用于判断肿瘤的恶性程度，将图2a的结果统计后展现在图2b和图2c中。首先，图2b中所示 ctDNA的检出率与患者的病理分型是相关的 ，肺鳞癌患者的检出率为97%，肺腺癌患者的检出率为71%，其他类型的NSCLC患者检出率为19%；其次，图2c所示 ctDNA的检出率与肿瘤组织坏死情况也有关，坏死程度越严重，检出率越高 ，这或许是由于坏死组织释放到血液中的ctDNA更多导致的。

图2. ctDNA的检测结果与早期NSCLC患者临床病理的关系

2、克隆和亚克隆的变异在血液检测阳性患者中的分布

根据组织中驱动突变的进化分析结果，将血液中的突变也分为克隆突变和亚克隆突变。图3a 所示为组织中克隆和亚克隆SNV（single nucleotide variation，单碱基变异）在血液检测阳性患者中的分布，蓝色代表克隆突变，红色代表亚克隆突变。46名ctDNA检测阳性的患者中，40名检出克隆突变（94%），27名检出亚克隆突变（68%）; 图3b 所示血液检测结果中，克隆中基因突变频率（VAF）显著高于亚克隆中的基因突变频率。以上结果表明， 以克隆中的重要突变作为ctDNA检测阳性的标准，比亚克隆更加灵敏 。