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明治维新之后，日本仿效西方，建立内阁体制，设立陆军省和海军省，负责军政管理。同时又设陆军参谋本部和海军军令部，作为军事指挥机构。军令部长相当于海军参谋总长。五月初，为准备介入朝鲜和对华作战，日本设立战时指挥机构“大本营”，由天皇直接统帅。幕僚长为有栖川宫炽仁亲王和陆军参谋本部的参谋总长小松宫彰大将，成员包括参谋本部次长川上操六中将，海军军令部长中牟田仓之助海军中将和海军大臣桦山资纪海军中将，此外还有兵站总监部统监、运输通信部长官、野战监督部长官、野战卫生部长官等等人士。六月初八日，日本统一海军指挥权，取消按区域划分舰队方法，将全国海军重新划分为常备和警备两个舰队。军队进入战时状态，随时准备抓住机遇，与中国一搏国运。
而此时中国，决策者是光绪帝及协助其处理政务军务的军机大臣。慈禧太后已经归政，重大决策时皇帝会向她汇报请示。至十月初五日，又另设督办军务处，派恭亲王奕訢督办，庆亲王奕劻帮办，节制各路统兵大员，有点类似日本的大本营。只是军机处、督办军务处行走的都是兼差文臣，并无军事知识，亦无参谋助手进行预案的评估分析，遇事全靠当场讨论，或是各人周边往来密切的门生密友出些主意。外交和国际动向归总理衙门主管，决策流程亦是如此。此外任何御史言官，皆可风闻上奏，评说战事，甚至随时建言，更迭军事首长。
军机处、督办军机处和总理衙门，每天将各种谕旨和有关指挥的要求建议，用电报发给驻扎天津的直隶总督、北洋大臣李鸿章。李鸿章既是文官，也是军事首长。在平定太平天国的战争中，他创建淮军；前些年他又创建北洋海军，一直负责北方地区国土安全和朝鲜事务。但到七十来岁高龄，他再来做陆海军司令官，早已力不从心。他虽然很早就购买洋枪洋炮和军舰，派人出国留学军事，但军事现代化仅仅停留在武器层面，没有仿效西方国家，建立专业的指挥机构，这是洋务运动中的一个败笔。以其手下最具现代化特征的北洋海军来说，光绪十四年（1888）专门制定了《北洋海军章程》，详细规定各艘军舰的人员编制和官兵薪酬收入，但海军提督丁汝昌的指挥班底，仅有提标中军参将兼理粮饷事宜一员，提标大副都司、二副守备各一员，提标总察全军轮机事务参将一员，提标总察全军军械事务游击、守备各一员。所谓“提标”，即提督直属队，但这几位军官之下并无相应职能部门，没有日军早已建立和西方更早通行的参谋作业，无法将其看作舰队司令部。真遇打仗，实际指挥权就落到旗舰管带刘步蟾的手中。
按湘淮军传统，李鸿章手执兵权，用手下的几个亲信来指挥协调整体军事行动。头号亲信是盛宣怀。盛是李鸿章同年盛康之子，很早进入李鸿章手下，李亦视其如子弟。此时身兼津海关道、轮船招商局督办、中国电报局总办，后来还兼任总理后路转运事宜。由于他与李鸿章走得近，手中又握有电报局和招商局，得以转发各类来往电报，调拨民用船只运送军队，虽然身无军职，却扮演着“参谋总长”的部分角色。
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李鸿章
此外，外交李鸿章用罗丰禄，前敌营务处用周馥，文秘用于式枚，加上长子李经方，依靠这彪人马，构成直隶总督的指挥核心，去应对前方瞬息万变的战事。虽然他们手下还有营务处，但都不是近代意义上的军事机构。本质上，中方作战指挥尚停留在中世纪，而他们面对的，却是蒸汽时代规模最大的跨国战争。
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谁策划了陷害张佩纶的突然袭击
驱张事件发生后，张佩纶告诉京中好友王懿荣：“端疏出于贿参，其意止要鄙人不在合肥（指李鸿章）左右而已。其一触即发，自是要人为之”。所谓“贿参”，即花钱买人参奏，这是晚清官场中经常发生的黑箱运作，其内幕大多难以查清。所以张佩纶反复推测，究竟是众怨李鸿章，自己无端受到牵连呢，还是自身旧怨积久而发？他请王懿荣“为我探明底里”。
不久渐渐看清，陷害张佩纶的，其实竟是李鸿章身边最亲近的盛宣怀和李经方。
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盛宣怀
从新近披露的张佩纶书信中，透露出他对入朝作战的不同观点和用兵建议，颇得李鸿章赞许，还邀他参与赞画。张佩纶听闻李、盛又在谋划议和，遂坚辞不就。李鸿章要他辅佐前敌指挥卫汝贵，亦被拒绝。张佩纶推荐宋庆、曹克忠主持军事，李鸿章也未采纳。但这些讨论和谋划，引起盛宣怀的不悦。张佩纶说：“盛宣怀来找我三次，欲窃取我的观点迎合合肥，可厌之至。”“盛为我所不齿，且李鸿章当我面两次骂他，其贿参固宜。”
张佩纶不愿参与军务，还有更深层次的考虑。这次礼部尚书李鸿藻借朝鲜战事重进核心圈，但排名落在翁同龢之后。张佩纶觉得，自己在政治上与李鸿藻的默契，要超过李鸿章。自己建言，李鸿藻必纳。今后此李提建议若为彼李支持，翁同龢和军机大臣孙毓汶就会猜想是张佩纶的主意；反之，在与北京的沟通协调中，李鸿章也会怀疑他暗通李鸿藻，生出种种窒碍，自处甚难。张佩纶甚至认为：端良所奏，人人皆知其浅陋不近情理，其实不需自辨。但政府中有人担心他就此复出，才先手落井下石。这层思考，他的老友、两江总督张之洞也想到了。他致电提醒张佩纶：“因高阳会议朝事，有复用之机会，忌者下此毒手。”政治谋略中要盘点的方方面面，实在太过复杂。
李经方曾做过驻日公使，属于知日派。根据张佩纶记录，李经方六月二十三日晚由南方到天津，随后多次拜访张佩纶，劝他帮助李鸿章，为张拒绝。樊增祥此前密告张之洞，说张李郎舅关系很不对付，“小合肥欲手刃之”。在张佩纶日记书信中，虽找不到他们直接争论的迹象，但李鸿章小圈子中这两个核心人物与张佩纶相互成见之深，当无疑问。
另有一种观点，由于前方缺乏统帅，李经方跃跃欲试，以为可立军功，完全没想过战争的残酷后果，和自己缺乏指挥作战的能力，而为张佩纶所阻。这个说法见于野史笔记，但在七月二十七日北洋电报总局督办佘昌宇致盛宣怀的密信中，亦可证实小圈子谋划的痕迹：
平壤岌岌可危，该处乃三韩最要之地，倘被倭占，东三省已失门户，非特朝鲜大势已去，东三省岂能按枕耶？……鄙意此本傅相（按即李鸿章）重任，而万无亲征之理。刘铭传又托病不出，现在淮军有将无帅，断难用兵，非李经方代相前往不可。但此举傅相不便陈奏，李经方又难自请，必须廷臣封章入告。望兄设法暗中托人陈奏，如能奉旨赏给三品卿衔，授为钦差大臣督办朝鲜事务，实于大局有益。
