第一天
一.
基因编辑工具介绍
1.
正本清源:基因编辑和转基因
a)
解析基因编辑与转基因的本质区别,讨论两种技术的监管差异
2.
基因编辑工具先驱
-ZFNs
和
TALENs
a)
早期基因编辑工具的设计原理、优缺点及历史贡献
3.
CRISPR
系统家族介绍
a)
从细菌免疫系统到基因编辑工具的演变,各类型
Cas
蛋白的分类
4.
CRISPR-Cas9
的工作原理
a)
sgRNA
与
DNA
结合机制、
PAM
识别、双链断裂修复途径
5.
CRISPR-Cas9
介导基因敲除与敲入
a)
通过
NHEJ
和
HDR
两种修复途径实现的不同编辑效果
6.
CRISPR-Cas12
、
13
的工作原理
a)
RNA
靶向编辑与诊断应用潜力
7.
新型
CRISPR
系统
a)
CasΦ
、小型
Cas
蛋白
CasMINI
等
b)
高保真
Cas9
变体
SpCas9-HF
、
eSpCas9
等
8.
基因克隆相关技术简介
a)
质粒设计、
PCR
、限制性酶切、连接等基础技术
9.
Snapgene
软件使用实操
a)
质粒图谱设计、引物设计、虚拟克隆与测序分析
第二天
1.
CRISPR-Cas9
系统敲除载体构建实操
a)
sgRNA
设计相关注意事项
i.
PAM
位点选择、脱靶预测、
GC
含量考量、二级结构避免
b)
辅助工具推荐,
CRISPick
、
CHOPCHOP
、基于深度学习的
sgRNA
预测工具等
c)
常规的构建方案
i.
从
oligo
合成到完整载体的详细流程,常见问题解决
d)
测序原理简介
i.
Sanger
测序与高通量测序技术原理,应用选择
e)
测序数据分析
2.
多基因编辑原理
a)
同时编辑多个基因的策略选择,提高编辑效率的方法
b)
多重靶点设计与互相干扰避免策略
3.
多基因编辑载体构建实操
a)
多
sgRNA
串联策略
b)
多启动子设计策略与表达平衡考量
4.
CRISPRa/CRISPRi
(基因激活与基因抑制)
a)
dCas9-PVPR
系统介绍,工作原理详解
b)
dCas9-VP64/GI/SAM
基因激活系统介绍
c)
基因编辑招募系统介绍(
Suntag/Moontag
)
5.
CRISPR
系统的‘另类’应用
第三天
1.
CBE
系统的原理及其应用
a)
CBE
系统进化过程总结,从
BE1
到最新
CBE
系统的演进历程与性能提升
b)
基因组
CBE
编辑(植物育种
/
基因功能研究
/
临床治疗)
c)
细胞器
CBE
编辑工具介绍,线粒体
/
叶绿体编辑特殊挑战与解决方案
d)
CBE
系统的脱靶效应,
RNA
脱靶与
DNA
脱靶检测与避免策略
e)
新型
CBE
系统,各种改进版本对比与选择指南
2.
ABE
系统的原理及其应用
a)
PACE
和
PANCE
人工定向蛋白进化系统介绍及其他常规的蛋白进化技术
b)
大肠杆菌正交进化系统
c)
ABE
系统的进化过程总结,
ABE1.x
到
ABE8.x
性能参数对比
d)
ABE
系统的‘另类’应用,
ABE
系统如何实现
C
编辑、剪接调控等非常规功能
3.
双碱基编辑系统
a)
SWISS/STEME/A&C-BEmax/SPACE/ACBE
,各种双碱基编辑系统的设计原理与适用场景
b)
双碱基编辑系统改造总结
4.
其他类型的碱基编辑系统
a)
糖基化酶介导碱基编辑,新型编辑机制与应用潜力
b)
CGBE
、
AYBE
、