正文
别人把朱方旦吹得神乎其神，李光地仅从他著的书里别字无数，就断定此人是个忽悠大师，所以坚决不跟他扯上关系。
只是，清廷要员多颟顸之徒，所以，朱方旦最后赚得盆满钵满，衣锦荣归。
康熙十二年，平西王吴三桂发动军事政变，台湾郑氏也趁机反攻大陆，一时之间，清廷风声鹤唳。这时康熙忽然想起朱方旦来，怕他被反动势力利用，便宣召他进京，询问时局发展，试探他的政治倾向。朱方旦答得滴水不漏，康熙甚为欣慰，对他更是礼遇有加。而那位曾把他抓来北京的湖广巡抚董国兴此时解任在京，见朱方旦受皇帝如此厚待，怕他报复，竟吓出病来。
朱方旦闻讯去探望，用无根水一杯，以朱笔在水面上画符，董国兴服后即痊愈。
朱方旦得皇帝垂青，一些地方大员也对他顶礼膜拜。如康熙十三年，征讨吴三桂的宁南靖寇大将军顺承郡王勒尔锦由于指挥失误，退守荆州，就常找朱方旦问卜，预测战局走向，并赠其圣人里、圣人堂匾额。湖北巡抚张朝珍也认为朱方旦果一奇异神人，并
赠给圣教帝师匾额
。这就不是一般大师能得到的荣耀了。
荣耀达到顶点的同时，厄运再次降临。朱方旦万万没想到，他得到地方大员的顶礼膜拜，却再次触怒了康熙。对勒尔锦的“军事不决问尔枚（朱方旦字）”，康熙直接批了：“军机大事，万不可听其蛊惑。”
朱方旦再神，在康熙眼里也是个汉人术士，岂可干闻军事？这已触及康熙底线了，最高指示一下，朱方旦离开勒尔锦，云游去了。
到此为止，朱方旦只是失宠而已。康熙如此严厉的警告，真正聪明的人，从此就应该低调行事，从皇帝的眼皮底下消失，不再成为他的眼中钉。但朱方旦不知真以为自己是神人，还真是为了真理勇于牺牲——
在被严重警告之后，他又做了一件有清一代最危险的事：著书立说。
云游湖广、江浙的几年时间里，朱方旦将自己的身心修炼所得，写成了两本书：《中补说》与《中质秘书》。那时候文禁虽严，但出书很容易，根本不用什么书号，朱方旦边写边印边发，其中有两本就到了时任翰林院编修的王鸿绪手中。王鸿绪看到朱方旦的书，如获至宝，第一个跳起来参劾朱方旦，说他诡立邪说，妄言休咎，煽惑愚民，诬罔悖逆，认定朱方旦犯有诬罔君上，悖逆圣道，摇惑民心三大罪行，恳求康熙大奋乾断，将朱方旦及伊党按律严处，则于万州之道统人心幸甚。
不难想象，如果朱方旦这两本书还是康熙红人时写的，给王鸿绪一百个豹子胆，他也不敢随便给朱安罪名。现在朱已被皇帝所贬斥，落井下石，方显文人本色嘛。
本来，朱方旦一直让康熙放心不下，王鸿绪的奏折无疑起到了递子弹的作用。康熙借势发力，把朱方旦逮起来。这一次，朱大师再也没有狗屎运了。
不少史家把朱方旦案归入文字狱，因为他的书确有犯忌之处。
在那两本书里，朱方旦跟大众分享自己练气功、养生、健身的经验——仅仅这些那也没什么，
让他身首异处的，另有两处捅了传统卫道士的马蜂窝。
首先，朱方旦在书中提出，脑才是人的思维器官，是心理、意识的物质本体。在书中他如是说：“古号为圣贤者，安知中道？中道在我山根之上，两眉之间。”所谓中道，即人的意识；中道在山根之上、两眉之间，就是说意识是在脑子里形成的，跟心无关。
这理论现在小孩都懂，但在三百多年前，这不亚于日心说对地心说的挑战。几千年来，中国人都认为心是人的思维器官，孟子说：“心之官则思，思则得之，不思则不得也。”这句话一直被奉为圭臬，现在朱方旦如此颠覆，剑指圣贤，岂不正是诡立邪说、煽惑愚民？
朱方旦所犯的第二大忌，是肆诋程朱，即肆意诋毁理学家。满清入主中原，吸取蒙元的教训，几乎全盘接受了儒家的价值观，并将它作为“指导我们思想的理论基础”。程朱之学因为更利于统治，被满清皇帝捧成跟孔孟齐高的圣人（后来康熙还将朱熹“升配大成殿东序为十一哲”，位列孔子身边）。而朱方旦居然在文章中大肆指摘程朱理学的荒谬与迂腐，如此挑战官方意识形态底线，不是找死就是找屎。
康熙二十年，朱方旦下狱。之后，康熙还假惺惺地玩了一下程序正义，跟诸大臣殿议，该如何处置这个狂妄之徒。不出所料，明珠、李蔚等满汉大学士纷纷表示，不杀不足以平民愤。
康熙要的就是这样的民意，结果，朱方旦斩立决，弟子斩监候，全国查抄其书，再全部销毁。
出人意料的是，朱方旦下狱后，虽然也遭遇落井下石，也没有陈有西那样的大律师为他辩护，但曾经很粉他的顺承郡王勒尔锦却逆流而动，极力向康熙进言，求皇恩浩荡将他赦免。勒尔锦也许真是出于爱才，觉得朱方旦本领通天，死了可惜。他却没想到，正是他的求情，坚定了康熙杀朱的决心。康熙最恼怒的，就是一个汉人术士居然插手军队，连勒尔泰这样的皇室至亲、军方高层都被朱洗脑，现在他自己身陷囹圄，正好戳穿了他能预知未来的谎言，而你居然还不醒悟——于是，在杀朱之前，康熙索性将勒尔锦先撤了职。
