一个计算同义突变（Ks）与非同义突变（Ka）的方法

生信百科 · 公众号 · 医学 · 2017-10-31 07:00

正文

>ENSMUSP 00000039172

MEIPVPVQPSWLRRASAPLPGFSAPGRLFDQRFGEGLLEAELASLCPAAIAPYYLRAPSVALPTAQVSTD

SGYFSVLLDVKHFLPEEISVKVVDDHVEVHARHEERPDEHGFIAREFHRRYRLPPGVDPAAVTSALSPEG

VLSIQATPASAQAQLPSPPAAK

cds 序列（example_cds.fas）

>ENSP00000004982

ATGGAGATCCCTGTGCCTGTGCAGCCGTCTTGGCTGCGCCGCGCCTCGGCCCCGTTGCCCGGACTTTCGG

CGCCCGGACGCCTCTTTGACCAGCGCTTCGGCGAGGGGCTGCTGGAGGCCGAGCTGGCTGCGCTCTGCCC

CACCACGCTCGCCCCCTACTACCTGCGCGCACCCAGCGTGGCGCTGCCCGTCGCCCAGGTGCCGACGGAC

CCCGGCCACTTTTCGGTGCTGCTAGACGTGAAGCACTTCTCGCCGGAGGAAATTGCTGTCAAGGTGGTGG

GCGAACACGTGGAGGTGCACGCGCGCCACGAGGAGCGCCCGGATGAGCACGGATTCGTCGCGCGCGAGTT

CCACCGTCGCTACCGCCTGCCGCCTGGCGTGGATCCGGCTGCCGTGACGTCCGCGCTGTCCCCCGAGGGC

GTCCTGTCCATCCAGGCCGCACCAGCGTCGGCCCAGGCCCCACCGCCAGCCGCAGCCAAGTAG

>ENSMUSP00000039172

ATGGAGATCCCCGTGCCTGTGCAGCCTTCTTGGCTGCGCCGTGCTTCAGCTCCTTTACCAGGTTTCTCTG

CTCCGGGACGCCTCTTTGACCAGCGTTTCGGCGAAGGGCTGCTTGAGGCAGAGCTGGCTTCACTGTGCCC

TGCTGCGATCGCCCCCTACTATCTGCGCGCCCCCAGTGTGGCGTTACCCACAGCCCAGGTGTCCACGGAC

TCTGGGTATTTTTCCGTGCTGCTGGATGTGAAGCACTTCTTGCCAGAGGAAATCTCTGTCAAGGTGGTTG

ACGACCATGTGGAGGTCCATGCTCGGCACGAGGAGCGCCCGGATGAACACGGATTCATTGCTCGAGAGTT

CCACCGCCGATACCGCCTGCCTCCTGGTGTGGACCCTGCTGCTGTGACCTCAGCACTGTCTCCTGAGGGT

GTCCTGTCCATCCAGGCCACACCAGCGTCGGCCCAGGCCCAACTTCCGTCACCACCTGCTGCCAAGTAG

蛋白质序列联配（alignment）

mafft --quiet --auto example_pep.fas > example_pep_aln.fas

将蛋白质序列联配转换成核酸序列联配

perl pal2nal.pl