NBT | 从2D拓展到3D！体积DNA显微镜可从内到外绘制完整生物体的3D空间转录组

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显微镜无法在完整 3D 组织中应用。

为将 DNA 显微镜扩展到 3D维度， 研究团队通过滚环扩增 克服了上述挑战。新方法可在没有高温热循环的情况下捕获 UEI 数据中的多个长度尺度。同时，研究团队开发了一种降维方法 GSE ，可扩展且稳健地在样本中跨大长度尺度重建分子位置，帮助构建完整样本的 3D 空间转录组。

体积 DNA 显微镜技术涉及 10 ⁷ 个分子， 作为 唯一分子 标记 （ UMI ）的短 DNA 序列首先 被 添加到细胞中 ，并 附着在 DNA 和 RNA 分子上， 通过 自我复制产生新序列， 这个过程被 称为唯一事件 标记 （ UEI ），每个配对都是独特的。 独特的 配对帮助创建了每个基因分子所在 序列 的空间 图谱 。距离较近的 UMI 对比距离较远的 UMI 对更频繁地相互作用并产生更多的 UEI 。 DNA 和 RNA 测序后，计算模型 会 通过分析 UMI之间的物理联系来重建它们的原始位置，创建基因表达的空间 图谱

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