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PAUP构建系统发育树

生信百科  · 公众号  · 医学  · 2017-08-12 09:00

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LestNST=1/2/6 (1-所有模型的替代速率一致;2-默认设置;6-根据选择出的模型 进行多个参数设置)。若设置 NST=6,则继续如下参数设置:

Lestrmatrix=(rAC rAG rAT rCG rCT)---选择的模型中得到的相对应碱基替代速率 值,没有则无需设置

Lsetbasefreq=(frqA  frqC  frqG) ----选择的模型中计算出的 A,C,G 碱基的频率

Lset rates=gamma/equal---gamma 表示模型+G;equal 或不设置表示平衡(无+G+I) 若设置 rates=gamma,则需要设置 shape=value----数值表示模型的gamma  分布 Lsetpinvar=value---设置数值表示位点不接受替代速率的比率,由选择模型得到, 不设置表示默认为 0

以上可以一并设置,如:

Lsetnst=6 rmatrix=(value) basefreq=(value) rates=gamma shape=value pinvar=value 6,hsearch  参数用来设置和寻找合适的建树策略

Hsearch start=stepwise/NJ-----选择第一个树的策略(stepwise 默认,NJ-NJ 树);

Addseq=simple/random-----simple单一的,默认设置;random 随机

Nreps=value------随机(random)次数 Rseed=value-----设置随机种子数

Swap=TBR/SPR/NNI/NONE------树枝搜寻策略,常用 TBR 7, bootstrap      nreps=value brlens=yes

search=heuristic/nj/UPGMA/faststep/bandBtreefile=name------设置使用 bootstrap 建树的相关参数

8,savetreesfile=name.tre format=nexus/phylip/…(可选设置) root=yes brlens=yes savebootp=brlensfrom=value to=value-----保存从第几个到第几个树,包括根,枝长及 bootstrap

9, pscorestreelist(all/number-number)/ci=yes ri=yes rc=yeshi=yes KHtest=yes----- 设置计算所有(all)或者(eg.,11-50 第11 到第 50 个树)的一致性(CI),维持 力(RI),调节一致性(RC),同源性(HI)检测以及对树的拓扑结构进行相似 性(KHtest, K ishino-Hasegawa test; KHtest 不适合检测ML 树)检测(此项更多 用在 MP 方法建树分析中)。

10,contree all/percentvalue(合并计算%value 的树)或者 contree all/strict=yes(计 算一个严格一致树)semistrict=yes(半严格一致树)

11,showtrees 或者 savetrees from=value to=value-----显示树或保存树

12,Quit   回车,退出

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