PAUP构建系统发育树

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LestNST=1/2/6 (1-所有模型的替代速率一致；2-默认设置；6-根据选择出的模型 进行多个参数设置)。若设置 NST=6，则继续如下参数设置：

Lestrmatrix=(rAC rAG rAT rCG rCT)---选择的模型中得到的相对应碱基替代速率 值，没有则无需设置

Lsetbasefreq=(frqA  frqC  frqG) ----选择的模型中计算出的 A,C,G 碱基的频率

Lset rates=gamma/equal---gamma 表示模型+G；equal 或不设置表示平衡（无+G+I） 若设置 rates=gamma，则需要设置 shape=value----数值表示模型的gamma  分布 Lsetpinvar=value---设置数值表示位点不接受替代速率的比率，由选择模型得到， 不设置表示默认为 0

以上可以一并设置，如：

Lsetnst=6 rmatrix=(value) basefreq=(value) rates=gamma shape=value pinvar=value 6，hsearch  参数用来设置和寻找合适的建树策略

Hsearch start=stepwise/NJ-----选择第一个树的策略（stepwise 默认，NJ-NJ 树）；

Addseq=simple/random-----simple单一的，默认设置；random 随机

Nreps=value------随机（random）次数 Rseed=value-----设置随机种子数

Swap=TBR/SPR/NNI/NONE------树枝搜寻策略，常用 TBR 7, bootstrap      nreps=value brlens=yes

search=heuristic/nj/UPGMA/faststep/bandBtreefile=name------设置使用 bootstrap 建树的相关参数

8，savetreesfile=name.tre format=nexus/phylip/…(可选设置) root=yes brlens=yes savebootp=brlensfrom=value to=value-----保存从第几个到第几个树，包括根，枝长及 bootstrap

9， pscorestreelist(all/number-number)/ci=yes ri=yes rc=yeshi=yes KHtest=yes----- 设置计算所有（all）或者（eg.,11-50 第11 到第 50 个树）的一致性（CI），维持 力（RI），调节一致性（RC），同源性（HI）检测以及对树的拓扑结构进行相似 性（KHtest, K ishino-Hasegawa test; KHtest 不适合检测ML 树）检测（此项更多 用在 MP 方法建树分析中）。

10，contree all/percentvalue（合并计算%value 的树）或者 contree all/strict=yes（计 算一个严格一致树）semistrict=yes（半严格一致树）

11，showtrees 或者 savetrees from=value to=value-----显示树或保存树

12，Quit   回车，退出

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