正文
他上任后，上疏条陈当时军事体制与作战指挥上的弊端，谋求改革，主要内容有：
1、“兵多不练，饷多不核”。这是说当时军队训练差，后勤供应混乱。
2、“以将用兵，而以文官招练;以将临阵，而以文官指发;以武略边，而且增置文官于幕府”。指出当时“以文制武”指挥策略的失误。
3、“以边任经、抚，而日问战守于朝”，指出“将从中御”的不妥。因此，他主张“今天下当重将权。择一沉雄有主略者，授之节钺，得自辟置偏裨以下，勿使文吏用小见沾沾陵其上”。
嗣后不久，新经略王在晋主张款赏西虏，金额高达一百余万银两，中枢震动，朝议不决，议者多非之。王在晋的手下如袁崇焕等也力争其不可，孙承宗既因此自请行边，朝廷于是调王在晋于南京，任南京兵部尚书一职。
王在晋还想作最后努力，赖在山海迟迟不动，几番上疏为自己表功，但除了温旨抚慰什么也没得到。
登莱巡抚袁可立与孙承宗同为天启二年殿试同考官，共同主辽期间满人蜷伏。孙承宗将辽海防务委之于袁可立，十分倚重。
他说道：“读后先大疏，皎皎揭日月，行中天而底里洞彻，殊令人可味，可展布四体，仰酬国恩” (孙承宗《高阳集·答袁节寰登抚》)。此外，还要抚辽西、恤辽民、简京军等，都得到了明熹宗的批准。
努尔哈赤攻占沈阳、辽阳以后，明军实际上就面临着一个如何进行军事防御的战略选择问题，即是主守关防，作积极的防御;还是固守关门，作消极防御。
对此，明前线军事将领意见不一。辽东经略王在晋主张“拒奴抚虏，堵隘守关”。所谓“抚虏”，即以金钱收买蒙古对付后金。所谓“堵隘”，即在山海关外再修一座关城。
天启二年(1622年)，王在晋确定在八里铺筑城，并上报朝廷。此举遭到其部下宁前兵备佥事袁崇焕、孙元化等人的坚决反对。他们认为筑城“非策”，极力劝阻，并写信给首辅叶向高，申诉己意。
由于情况不明，叶向高难以断定可否。孙承宗遂提出前往实地考察，再作决断。他抵达山海关后，当即认真巡视山海关及王在晋所主张建筑的八里铺新城，又前往考察了中前所、一片石和黄土岭等处的战略地势。
在阅察八里铺新城时，孙承宗曾与王在晋展开过激烈的争论，明史载：“新城成，即移旧城四万人以守乎?”孙承宗问。王在晋答曰：“否，当更设兵。”
孙承宗又问：“如此，则八里内守兵八万矣。一片石西北不当设兵乎?且筑关在八里内，新城背即旧城趾，旧城之品坑地雷为敌人设，抑为新兵设乎?新城可守，安用旧城?如不可守，则四万新兵倒戈旧城下，将开关延入乎，抑闭关以委敌乎?”
答：“关外有三道关可入也。”问：“若此，则敌至而兵逃如故也，安用重关?”答：“将建三寨于山，以待溃卒。”
孙承宗责问：“兵未溃而筑寨以待之，是教之溃也。且溃兵可入，敌亦可尾之入。今不为恢复计，画关而守，将尽撤藩篱。日哄堂奥，畿东有宁宇乎?”严厉批评了王在晋画地为牢、坐以待毙的危险倾向。
登莱巡抚袁可立像为听取各方面的意见，孙承宗召集将吏讨论如何防守。监军阎鸣泰主守觉华岛(辽宁兴城东三十里海中，今称菊花岛)，袁崇焕主守宁远卫(今辽宁兴城)，王在晋则主守中前所(今辽宁绥中县前所)。
监司邢慎言、张应吾等附和王在晋的意见。孙承宗在全面考虑了各方意见，权衡利弊得失后，采用了袁崇焕主守宁远的意见。
宁远，位于辽西走廊中部，“内拱岩关，南临大海，居表里之间，屹为形胜”。守住宁远，也就等于扼住了这条走廊的咽喉，能确保二百里外的山海关的安全。因此，孙承宗守宁远，极具战略眼光。
孙承宗回到北京，即向熹宗明确阐述了其坚守宁远，以与觉华岛守军互为犄角、遥相呼应的战略计划，正式提出了“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的战略方针，并建议解除王在晋的兵部尚书及辽东经略之职。熹宗接受了孙承宗的意见，将王在晋调任南京兵部尚书。自此，八里铺筑城之议遂息。
