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R包终极解决方案

弗雷赛斯 · 公众号 · 科研 · 2017-08-06 20:39

正文

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13 ] "OS_type" "MD5sum" "NeedsCompilation"

[ 16 ] "Built"

ap

> dim(ap)

打开ap变量可以看出，我们想安装的 airway 包根本不在，当然，这肯定是不存在的。因为 airway 是 bioconductor 的包，并非R默认。

需要调整 contriburl 参数,如下：

> dim(available.packages(contriburl = "https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.2/"))
[1] 8110   17
> dim(ap)
[1] 8155   17
> dim(available.packages(contriburl = "http://bioconductor.org/packages/3.1/bioc/bin/windows/contrib/3.2/"))
[1] 1000   17
> dim(available.packages(contriburl = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc//packages/3.1/bioc/bin/windows/contrib/3.2/"))
[1] 1000   17

用这个参数，可以看不同仓库，甚至不同版本的R包共有哪些资源!

如何安装旧版本的包

既然你点进来看，肯定是有需求。一般来说，R语言自带的 install.packages 函数来安装一个包时，都是默认安装最新版的。但是有些R包的开发者他会引用其它的一些R包，但是它用的是旧版本的功能，自己来不及更新或者疏忽了。而我们又不得不用他的包，这时候就不得不卸载最新版包，转而安装旧版本包。

首先你要用 remove.packages 这个命令把现在的包卸载掉！

然后去包的官网上面找到它的旧版本的下载链接：

我这里拿 ggplot2 举例：

http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/

#packageurl 
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
#我这里安装它的1.0.1版本，而不是最新版！
#还有很多其它方法，我就不一一举例了，这个是我认为最方便，最直观的！
# install yesterday's version of checkpoint, by date
install.dates('checkpoint', Sys.Date() - 1)
# install earlier versions of checkpoint and devtools