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【IF 11.5】大型前瞻性多中心队列研究:cfDNA片段组学成乳腺癌早筛新王炸

测序中国  · 公众号  ·  · 2025-04-10 11:00

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名良性乳腺结节患者;多中心验证队列包含 5 个队列:北京队列( 209 例乳腺恶性可疑病变患者)、杭州队列( 40 例乳腺癌患者和 13 例良性乳腺结节患者)、外部筛查队列( 119 名无症状健康女性)、新辅助化疗队列( 33 例新辅助化疗后乳腺癌患者)、稳健性队列( 3 例乳腺癌患者和 3 例良性乳腺结节患者)。

1. 研究设计流程图


研究结果


01

cfFrag 模型对早期乳腺癌和良性结节的鉴别性能优异

cfFrag 模型以片段大小比率( FSR )、片段大小分布( FSD )和拷贝数变异( CNV )为最佳特征构建,用于预测训练集中的乳腺癌(图 2A )。模型在训练集(烟台队列)和前瞻性验证集(北京队列)中的 AUC 分别为 0.82 0.81 (图 2B ),在独立验证队列(杭州队列)中, AUC 达到 0.95 (图 2C ),显示出对乳腺良恶性结节较好的鉴别能力。

将敏感性阈值设为 85% ,模型在训练集和前瞻性验证集中的特异性分别为 65.7% 60.6% 表明其在早期乳腺癌预测方面具有较高的准确度 。此外,在无症状健康女性中,敏感性为 85% 时特异性为 94.1% (图 2D ),展现出模型在早期乳腺癌筛查中的应用潜力。

2.cfFrag 模型在早期乳腺癌预测及良性结节鉴别中的性能比较

02

在乳腺小结节的预测能力方面,片段组学技术优于传统筛查方法

为解决乳腺癌与良性结节患者因年龄不平衡可能带来的偏差,研究进行了倾向评分匹配分析。结果显示, 在年龄匹配的子集中, cfFrag 模型依然表现出优异的乳腺癌预测能力,训练集(烟台队列)和前瞻性验证集(北京队列)的 AUC 均为 0.82 (图 3A )。

进一步分析发现, cfFrag 模型在不同亚组(如结节大小、分期、组织学类型和激素受体状态)中均表现稳定, 尤其在小结节( ≤1cm )亚组中,前瞻性验证集 AUC 0.83 (图 3B )。此外,相较于传统检查方法(乳腺钼靶和超声的 AUC 分别为 0.64 0.80 ), cfFrag 模型性能更优(图 3C D )。

3. cfFrag 模型对乳腺小结节的预测能力优于传统检查方法

03







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